Question

这是我使用的脚本：

for dir in $(find . -type d -name "single_copy_busco_sequences"); do  
    sppname=$(dirname $(dirname $(dirname $dir))| sed 's@./@@g');
    for file in ${dir}/*.faa; do name=$(basename $file); cp $file /Users/admin/Documents/busco_aa/${sppname}_${name}; sed -i '' 's@>@>'${sppname}'|@g' /Users/admin/Documents/busco_aa/${sppname}_${name}; cut -f 1 -d ":" /Users/admin/Documents/busco_aa/${sppname}_${name} > /Users/admin/Documents/busco_aa/${sppname}_${name}.1;
    done;
done

sppname变量类似于Gender_species 您知道我如何在脚本中添加一行以创建一个名为abbrev的新变量，该变量将Gender_species转换为Genspe，the 3 first letters猫，其中3 first字母位于_

之后

示例：

Homo_sapiens gives Homsap
Canis_lupus gives Canlup

等

感谢您的帮助：）

Answer 1

您可以使用带有sed的正则表达式来实现此目的：

echo "Homo_sapiens" | sed -e s'/^\(...\).*_\(...\).*/\1\2/'
Homsap

开始，得到3个字符（保持在\ 1），_，任何东西，得到3个字符（保持在\ 2），任何东西

用$ dir替换回声“ Homo_sapiens”

PS：如果每个单词少于3个字符，则失败

Answer 2

您可以使用bash内置的参数扩展完成所有操作。具体来说，字符串索引和子字符串删除。

$ a=Homo_sapiens; prefix=${a:0:3}; a=${a#*_}; postfix=${a:0:3}; echo $prefix$postfix
Homsap

$ a=Canis_lupus; prefix=${a:0:3}; a=${a#*_}; postfix=${a:0:3}; echo $prefix$postfix
Canlup

使用bash内置的方法总是比生成单独的子shell来调用实用程序来完成相同任务的效率更高。

说明

您的字符串索引格式（仅用于bash）可让您从字符串中为字符编制索引，例如

* ${parameter:offset:length}  ## indexes are zero based, ${a:0:2} is 1st 2 chars

parameter只是包含字符串的变量名。

（您可以使用负偏移量从字符串的末尾开始索引，该负偏移量后跟space或用括号括起来，例如a=12345; echo ${a: -3:2}输出"34"）

    prefix=${a:0:3}   ## save the first 3 characters in prefix
    a=${a#*_}         ## remove the front of the string through '_' (see below)
    postfix=${a:0:3}  ## save the first 3 characters after '_'

您的子字符串删除表格（POSIX）是：

${parameter#word}从左边的参数中修剪到单词的第一个出现
${parameter##word}修剪从参数左起最后出现的单词

和

${parameter%word}从右边的参数中修剪到单词的第一个出现
${parameter%%word}从右边的参数中修剪到最后出现的单词

（单词也可以包含球形符号以扩展为模式）

   a=${a#*_}   ## trim from left up to (and including) the first '_'

有关详细信息，请参见bash(1) - Linux manual page。

在bash中构建一个由2个子变量组成的变量

2 个答案: