如何计算表格每一行的渔民精确检验

时间:2019-01-28 18:56:38

标签: r row lapply

我有一个数据框,其中包含具有唯一ID和其他变量(例如抗生素使用情况)的数据。我正在尝试汇总表中的相关部分(我可以这样做),然后将fisher的确切p值添加到该表中,并按行进行计算。

我已经使用mtcars数据集提供了一个类似示例。

library(knitr)
cars <- mtcars

table(cars$cyl, cars$am) %>%
  kable()

|   |  0|  1|
|:--|--:|--:|
|4  |  3|  8|
|6  |  4|  3|
|8  | 12|  2|

这种格式正是我所需要的,但是这意味着以前的选项没有用。我尝试将apply(df,1,function(x) fisher.test(matrix(x[-1],nrow=2))$p.value)下的thisthis(和代码table()的变体)中的答案用作mutate()的一部分,但我的理解是需要直接应用于数据框。

然后,我尝试使用cylinder <- dcast(cars, cyl ~ am)尝试将功能直接应用于数据框,但出现错误

 Error in fisher.test(tbl, alternative = "two.sided") : 
  all entries of 'x' must be nonnegative and finite 

我希望能够创建一个表来汇总每个组的计数,然后在单独的列中列出每一行的p值。

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