我有一个数据框,其中包含具有唯一ID和其他变量(例如抗生素使用情况)的数据。我正在尝试汇总表中的相关部分(我可以这样做),然后将fisher的确切p值添加到该表中,并按行进行计算。
我已经使用mtcars
数据集提供了一个类似示例。
library(knitr)
cars <- mtcars
table(cars$cyl, cars$am) %>%
kable()
| | 0| 1|
|:--|--:|--:|
|4 | 3| 8|
|6 | 4| 3|
|8 | 12| 2|
这种格式正是我所需要的,但是这意味着以前的选项没有用。我尝试将apply(df,1,function(x) fisher.test(matrix(x[-1],nrow=2))$p.value)
下的this和this(和代码table()
的变体)中的答案用作mutate()
的一部分,但我的理解是需要直接应用于数据框。
然后,我尝试使用cylinder <- dcast(cars, cyl ~ am)
尝试将功能直接应用于数据框,但出现错误
Error in fisher.test(tbl, alternative = "two.sided") :
all entries of 'x' must be nonnegative and finite
我希望能够创建一个表来汇总每个组的计数,然后在单独的列中列出每一行的p值。