带标准输出的for循环

Question

我想为多个输入文件运行两个脚本（gunzip和fastx_collapser）。 gunzip的输出应输入到fastx_collapser。如何在循环功能中做到这一点？

我的尝试：

for f in *.gz    gunzip -c "$f"  | fastx_collapser -Q33 -z -o  "${f%}.coll.gz"

Answer 1

您需要一个do和一个done（如果坚持一行，还需要一些分号）：

for f in *.gz
do
    gunzip -c "$f" | fastx_collapser -Q33 -z -o "${f%}.coll.gz"
done

或：

for f in *.gz; do gunzip -c "$f" | fastx_collapser -Q33 -z -o "${f%}.coll.gz"; done