哪些包很好地利用了S4对象？

Question

哪些R包可以很好地利用S4类？我正在寻找适当使用S4的软件包（即当底层问题的复杂性要求时），编写得好，文档齐全（这样你就可以阅读代码并了解正在发生的事情）。

我很感兴趣，因为我很快就会教S4，我想让学生在实践中找到很好的例子，这样他们就可以阅读代码来帮助他们学习。

Answer 1

再考虑一下，可能是Matrix和/或lme4？ Matrix通过有效表示稀疏矩阵做了很多诡计，所以这可能是一个值得（虽然可能很重）的例子。

另外，鉴于所有BioConductor都是在S4完成的，其中一些肯定会比平均水平好:)我相信马丁摩根将会有很好的例子。

Answer 2

这并不能完全回答你的问题，但是......

• R in a Nutshell为timeseries object开发了一个S4类，然后将其与S3表示进行比较。这是S3和S4之间差异的一个非常好的例子（没有过于复杂或太简单）。
• R programming for Bioinformatics简要讨论了ExpressionSet设置对象。

关于使用Bioconductor软件包，您可能会发现要完全理解代码 - 或者甚至只是为了开始 - 您必须具备合理的生物学知识。我认为同样适用于复杂的统计包;你需要对所发生的事情有一个模糊的概念，以了解代码结构背后的原因。

Answer 3

在上一次伦敦R会议上，Brandon Whicher在他的dcemriS4包中使用了S4类，用于分析医学研究中的磁共振成像（MRI）。

他的讲话可以在这里找到： http://www.londonr.org/Medical%20Image%20Analysis%20using%20S4%20classes%20&%20methods.pdf

包裹在CRAN上： http://star-www.st-andrews.ac.uk/cran/web/packages/dcemriS4/index.html

Answer 4

sp和依赖包使用S4并且记录良好。 Alpha和omega用于R中的空间内容。

Answer 5

我会选择kernlab，其中还包含大量C代码。

它带有一个方便的vignette，详细介绍了一些S4概念。 （但它似乎没有使用roxygen作为文档，但这不是问题所在。）

Answer 6

试图抓住我在教育资料包sequence中遇到的S4系统。类系统的实现在同一作者的回购roo中的一组附带幻灯片中说明。虽然使用的例子来自生物统计学，但最好遵循。

这是一个很好的学习资源，因为作者仔细地对比了不同的对象系统，同时保持了包的复杂性足以学习。