我目前正在使用“ spatstat”包来分析R中某个树种的空间格局。我正在比较两个不同的区域,因此我为每个区域绘制了两个图(前两个图-a,b-area1;后两个图-c,d-area2),每个组至少有20个点(树苗,中间,成人),可以看到here的地块。
尽管这些地区没有表现出特定的生境异质性(没有岩石露头,而且我没有土壤养分的数据),所以我认为至少对于地块a,c和d没有生境异质性,如果我使用bw.diggle,则从0到0.015的点的强度。
a)强度是否有阈值,所以我可以用来确定这些图是否异质?
b)强度的变化是否暗示生境的异质性?
pcfinhom:当我应用pcfinhom时,根据选择的带宽(bw.diggle,bw.stoyan,bw.pcf),我得到不同的结果。
pcfinhom和Kcross.inhom函数是否有特定的带宽,或者您建议我使用哪个带宽?
我对来自每个区域的所有点都应用了pcfinhom(r),并且两个区域的点均具有bw.pcf(3m)和bw.diggle(9m)规则图案的随机模式,这是一个示例的脚本:
#pcfinhom for area1 (first two plots)
bwp<- bw.pcf(poi_all, divisor="r", kernel="epanechnikov") #bw=1.426384 m
r1i<- envelope(poi_all, pcfinhom, nsim = 1000, savefuns=TRUE, conf.level=0.95, correction= "isotropic", kernel = "epanechnikov", bw = bwp, renormalise=TRUE)
plot(r1i, xlab ="Distance r [m]", main= "pcf - Protected area", xlim =c(0,40), ylim=c(0,5), legend= F)
rlii<-LF.gof(r1i) # p value = 0.2117882 points are random
我使用此函数评估了Area1(前两个图a,b)的成年树和幼树之间的空间关系,但是尽管p值很显着,但CI甚至观察到的线在图中都很奇怪,我不知道这是集群还是隔离模式。 (我也尝试了更多的数据点,但遇到了同样的问题,我也尝试了pcfcross.inhom,结果图表更糟。)
bw1 <- bw.diggle(poi_rr1, correction="isotropic", hmax=NULL, nr=400) #bw=9 m
pikros <- envelope(poi_rr1, Kcross.inhom, nsim=1000, i="A", j="S", correction = "isotropic",savefuns=TRUE, bw = bw1, renormalise=TRUE)
plot(pikros,main="Cross-K inhom - Protected area", xlab = "Distance r [m]",xlim = c(0,40), ylim=c(0, 500), legend = F)
pk <- LF.gof(pikros) # p value= 0.00990099 saplings are clustered around adults
我对成人-中级(A,I)和中级树苗(I,S)应用了相同的脚本,结果可以在下图中看到:graph A,I,graph A,I >
为什么观察到的线和CI不平滑,参数有误吗?
部分数据和脚本可以在Google文档中找到:https://drive.google.com/drive/folders/11BOlMhL7pVXj44Fh3ZxQrmwiUY4B77PS?usp=sharing
提前感谢您的帮助!