Question

我有两个问题。

我有一个file.txt，每行的名称是一个例子，

specie1
specie2
specie3
...

，我想在以下每个路径中创建一个名为new_dir的新目录

/specie_1/run_busco/run_specie_1_ok_v3/
/specie_2/run_busco/run_Specie_2_ok_v3/
/specie_3/run_busco/run_Specie_3_ok_v3/

获取：

/specie_1/run_busco/run_specie_1_ok_v3/new_dir
/specie_2/run_busco/run_Specie_2_ok_v3/new_dir
/specie_3/run_busco/run_Specie_3_ok_v3/new_dir

第二个问题是相同的，但现在我想将一些文件移到创建的new_dir中，例如，我会将一些文件移到run_specie_X_ok_v3 /中，例如：

/specie_1/run_busco/run_specie_1_ok_v3/
seq1.faa
seq2.faa
seq3.faa

/specie_2/run_busco/run_Specie_2_ok_v3/
seq1.faa
seq2.faa
seq3.faa

/specie_3/run_busco/run_Specie_3_ok_v3/
seq1.faa
seq2.faa
seq3.faa

我想对所有目录执行mv *faa new_dir。

您知道如何操作吗？我的意思是我的问题是因为路径始终根据specie_name改变。

我试图做这样的事情：

cat file.txt | while read line
do
    echo mkdir '/'$file'/run_busco/run_'$file'_ok_v3/new_dir'
done

，然后运行所有生成的脚本。与第二个问题相同：

cat file.txt | while read line
do
    echo mv '/'$file'/run_busco/run_'$file'_ok_v3/*.faa new_dir'
done

Answer 1

将$file替换为$line，而您不需要回声

cat file.txt | while read line; do mkdir "/$line/run_busco/run_$line_ok_v3/new_dir"; done


cat file.txt | while read line; do mv "/$line /run_busco/run_${line}_ok_v3/*.faa new_dir"; done

对所有文件执行MV操作，并根据列表更改路径

1 个答案: