slurm sbatch将任务排队，但没有任何执行

Question

我正在AWS集群上使用Slurm，并编写了似乎无法执行的执行脚本。如果我自己运行脚本，则可以正常运行。但是，当与sbatch一起运行时，它将不起作用。

我使用以下代码致电sbatch：

for sample in `cat url.txt`;
    do sudo /opt/slurm/bin/sbatch ./slurm_script.sh $sample; 
    sleep 1;
done

脚本slurm_script.sh包含很长的生物信息学管道。单独调用[bash slurm_script.sh someString]

时，它确实可以工作

它输出到主节点上：

Submitted batch job 2
Submitted batch job 3
Submitted batch job 4
Submitted batch job 5
...

但是当我ssh进入任何计算节点时，没有任何进程在运行。也没有创建文件。有什么想法吗？

Answer 1

我花了一些时间弄清楚这一点，但是在运行脚本之前，没有在适当的文件夹中创建slurm的错误和out目录。我在〜/ slurm_out和〜/ slurm_error中创建了这些目录。但是，在建议@Poshi

下运行以下命令之后

scontrol show job

我看到slurm在以下目录中寻找这些东西：

...
WorkDir=/scratch/missing
StdErr=/scratch/missing/slurm_error/error_85.txt
StdIn=/dev/null
StdOut=/scratch/missing/slurm_out/output_85.txt
Power=
...

在slurm所在的目录中创建slurm_error和slurm_out之后，脚本开始运行！