ggdendro中带有长标签的聚类

时间:2019-01-23 20:57:56

标签: r ggplot2 ggdendro

我正在使用ggdendro创建树状图,并根据分支中的切点为它们着色。在此问题(Colorize Clusters in Dendogram with ggplot2)中,我使用的是@jlhoward提供的方法,但是当我的叶子标签很长时,我会遇到问题。

这是一些示例代码:

df   <- USArrests 
labs <- paste("veryverylongtitlename",1:50,sep="")
rownames(df) <- labs

library(ggplot2)
library(ggdendro)
hc       <- hclust(dist(df), "ave")           # heirarchal clustering
dendr    <- dendro_data(hc, type="rectangle") # convert for ggplot
clust    <- cutree(hc,k=2)                    # find 2 clusters
clust.df <- data.frame(label=names(clust), cluster=factor(clust))
# dendr[["labels"]] has the labels, merge with clust.df based on 
label column
dendr[["labels"]] <- merge(dendr[["labels"]],clust.df, by="label")
# plot the dendrogram; note use of color=cluster in geom_text(...)
ggplot() + 
  geom_segment(data=segment(dendr), aes(x=x, y=y, xend=xend, 
yend=yend)) + 
  geom_text(data=label(dendr), aes(x, y, label=label, hjust=0, color=cluster), 
       size=3) +
  coord_flip() + scale_y_reverse(expand=c(0.2, 0)) + 
  theme(axis.line.y=element_blank(),
    axis.ticks.y=element_blank(),
    axis.text.y=element_blank(),
    axis.title.y=element_blank(),
    panel.background=element_rect(fill="white"),
    panel.grid=element_blank())

enter image description here

如您所见,这里的标签被剪掉了。我找到了这个答案(decrease size of dendogram (or y-axis) ggplot,但是我不想使用它,因为我非常喜欢使用cutree来定义集群的能力。如何处理以上代码以适合长标签?非常感谢!

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