Question

我有一个像这样的数据框：

df<- data.frame(year= c(rep("2004", 10), rep("2005", 10), rep("2006", 10), rep("2007", 10)), 
            lev1=c("A", "B", "C", "A", "D", "E", "D", "D", "B","B","C", "A","F","E","A","B",
                       "A", "B","C", "A", "D", "E", "D", "D", "B","B","C", "A","F","E","A", "B", "C", "A", "D","A","F","E","A","B" ), 
            lev2=c("X", "Y", "Z", "X", "W", "T", "W", "W", "Y","Y","Z", "T","U","V","Y","Y",
                      "W", "X","T", "W", "X", "Y", "Z", "X", "W", "T", "W", "W", "Y","Y","Z", "T","U","V","Y","Y",
                   "W", "X","T", "W"))

并具有编写每年矩阵列表（Results）的代码。 lev1成为行，lev2成为列。矩阵内的值是两者共同出现的次数。

sublist=NA
for (i in unique(df$year)){   
sublist[i]<-list(subset(df, df[,1] == i)) 
print(i)
}
Results = list()
for (i in 1: length(unique(sublist))){ 
if (length(sublist[[i]]) > 1 & length(sublist[[i]]) > 1 ){
rows<-unique(sublist[[i]][[2]]) 
cols<-unique(sublist[[i]][[3]]) 
matrix1<- matrix(nrow = length(rows), ncol = length(cols))
df = data.frame(sublist[[i]])
for (k in 1: length(rows)){
  sub_lev1<- subset(df,lev1 == rows[k]) 
  for (j in 1:length(cols)){ 
    sub_lev2<-subset(sub_lev1, lev2 == cols[j]) 
    matrix1[k,j]<-length(sub_lev2[,3])
  }
}
colnames(matrix1) <- cols
rownames(matrix1) <- rows
Results[[i]] = matrix1
}else{next}
}
Results

我想在列表的每个元素上运行一个singe函数（library("bipartite") networklevel()），该函数返回多个网络索引的多个值。下面我对每个矩阵分别进行处理。

d1<-networklevel(Results[[2]])
d2<-networklevel(Results[[3]])
d3<-networklevel(Results[[4]])
d4<-networklevel(Results[[5]])

所需的输出是一个数据帧，其中包括年份，网络索引的名称以及每个网络索引的值：

d1<-data.frame(as.list(d1))
d1<- melt(d1)
d1$year<-rep("2004", length(d1))

d2<-data.frame(as.list(d2))
d2<- melt(d2)
d2$year<-rep("2005", length(d2))

d3<-data.frame(as.list(d3))
d3<- melt(d3)
d3$year<-rep("2006", length(d3))

d4<-data.frame(as.list(d4))
d4<- melt(d4)
d4$year<-rep("2007", length(d4))

output<- rbind(d1,d2,d3, d4)

我遇到一些问题：1）由于某种原因，以上循环将第一个矩阵返回为NULL。我该如何纠正？ 2）当矩阵在Results中索引时，它们不是由year索引，而是1-5。我想调整循环，以便索引年的名称。我相信这将有助于在下游创建输出df。

我尝试了以下方法，但未成功返回列表中每个元素的网络索引：

output<- lapply(mylist, FUN= function(x) networklevel(x)

对于在列表的所有元素上同时运行networklevel的任何帮助，我们将不胜感激。 networklevel的默认值是返回多个网络索引，因此我需要一种解决方案来运行networklevel，并将每个矩阵的所有这些索引返回到一个指定了矩阵起源年份的有组织的数据框中。在我的实际数据集中，我有20多年的数据，因此找到一种解决方案来阻止我分别对每一年/矩阵执行此操作将是最有效的。

Answer 1

您的第一个问题：

1）由于某种原因，以上循环将第一个矩阵返回为NULL。我该如何纠正？

将sublist <- NA更改为sublist <- NULL，当您运行for循环时，NA不会从对象sublist中删除，这就是导致第一个矩阵为{{1 }}。 R尝试对年== NA进行子集化，这将不起作用。

第二个问题：

2）在结果中对矩阵进行索引时，它们不是按年份索引，而是按1-5索引。我想调整循环，以便索引年的名称。

我会尝试类似NULL

第三期：

循环输出

在您的脚步中，您无需创建names(Results) <- c("2004", "2005", "2006", "2007")，只需简单地调用function(x) 像这样 networklevel

然后您可以执行以下操作将其放入df /矩阵：

output <- lapply(Results, bipartite::networklevel)

将多个函数应用于矩阵列表以返回数据帧

1 个答案: