Question

我无法将从DICOM文件提取的详细信息写入CSV文件。这是我使用的代码-

import pydicom
import os
import pandas as pd
import csv 
import glob 

data_dir= 'C:\\Users\\dmgop\\Personal\\TE Project - Pneumonia\\stage_1_test_images_dicom' 
patients= os.listdir(data_dir)
myFile= open('patientdata.csv','w')
for image in patients:
    lung = pydicom.dcmread(os.path.join(data_dir, image))
    print (lung)
    writer = csv.writer(myFile)
    writer.writerows(lung)
    break

即将出现的错误如下-

跟踪（最近一次通话最近一次）：文件“ C：\ Users \ dmgop \ AppData \ Local \ Programs \ Python \ Python36 \ lib \ site-packages \ pydicom-1.2.0rc1-py3.6.egg \ pydicom \ dataelem.py”，
  第344行，位于 getitem
      返回self.value [key] TypeError：'PersonName3'对象不支持
索引


在处理上述异常期间，发生了另一个异常：


跟踪（最近一次通话最后一次）：文件“ C：\ Users \ dmgop \ Personal \ TE
  专案-Pneumonia \ detail_extraction.py“，第14行，在
       writer.writerows（肺）文件
“ C：\ Users \ dmgop \ AppData \ Local \ Programs \ Python \ Python36 \ lib \ site-packages \ pydicom-1.2.0rc1-py3.6.egg \ pydicom \ dataelem .py“，
  第346行，位于 getitem
      引发TypeError（“ DataElement值不可写” TypeError：DataElement值不可脚本（不是序列）

Answer 1

假设for循环中的“ break”语句意味着您只需要第一张图像的信息，请尝试：

import pydicom
import os
import csv 

data_dir = 'C:\\Users\\dmgop\\Personal\\TE Project-Pneumonia\\stage_1_test_images_dicom' 
patients = os.listdir(data_dir)
with open('file.csv','w') as myfile:
    writer = csv.writer(myFile)
    # patients[0] means get the first filename, no need for the for loop
    lung = pydicom.dcmread(os.path.join(data_dir, patients[0]))
    print(lung.formatted_lines)
    # pay attention to the function_call --> formatted_lines()
    writer.writerows(lung.formatted_lines())

看看Pydicom docs for FileDataset，它是dcmread方法的返回类型。
如果要写入目录中所有文件的数据，请尝试以下操作：

import pydicom
import os
import csv 

data_dir = 'C:\\Users\\dmgop\\Personal\\TE Project-Pneumonia\\stage_1_test_images_dicom' 
patients = os.listdir(data_dir)
with open('file.csv','w') as myfile:
    writer = csv.writer(myfile)
    for patient in patients:
        if patient.lower().endswith('.dcm'):
            lung = pd.dcmread(os.path.join(data_dir, patient))
            writer.writerows(lung.formatted_lines())

还可以看看this paragraph的最后一部分，关于“ with open（）as”的使用

无法将从DICOM文件提取的详细信息写入csv文件

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