Question

我正在处理的原始数据集有2万多行。压缩后的版本如下所示

  Row      x      y      z      Group   Survive
  1        0.0680 0.8701 0.0619 1       78.43507
  2        0.9984 0.0016 0.0000 1       89.55533
  3        0.4146 0.5787 0.0068 1       85.35468
  4        0.3910 0.6016 0.0074 2       67.49987
  5        0.3902 0.6023 0.0075 2       81.87669   
  6        0.0621 0.8701 0.0678 2       27.26777
  7        0.6532 0.3442 0.0026 3       53.03938  
  8        0.6508 0.3466 0.0026 3       62.32931 
  9        0.9977 0.0023 0.0000 3       97.00324

我的目标是创建一个名为Match1的列，如下所示

  Row      x      y      z      Group   Survive   Match1
  1        0.0680 0.8701 0.0619 1       78.43507  g1r1-g2r3
  2        0.9984 0.0016 0.0000 1       89.55533  g1r2-g2r1
  3        0.4146 0.5787 0.0068 1       85.35468  g1r3-g2r2
  1        0.3910 0.6016 0.0074 2       67.49987  g1r2-g2r1
  2        0.3902 0.6023 0.0075 2       81.87669  g1r3-g2r2 
  3        0.0621 0.8701 0.0678 2       27.26777  g1r1-g2r3
  1        0.6532 0.3442 0.0026 3       53.03938  NA
  2        0.6508 0.3466 0.0026 3       62.32931  NA
  3        0.9977 0.0023 0.0000 3       97.00324  NA

值g1r1-g2r3，g1r2-g2r1，g1r3-g2r2的逻辑如下

第一步步骤，基于Mahalanobis或简单距离方法sqrt((x2-x1)^2 + (y2-y1)^2 + (z2-z1)^2)

在Group1和Group2中的行之间生成距离矩阵

  0.4235 = sqrt{ (0.3910-0.0680)^2 + (0.6016-0.8701)^2 + (0.0074-0.0619)^2} 
  0.4225 = sqrt{ (0.3902-0.0680)^2 + (0.6023-0.8701)^2 + (0.0075-0.0619)^2}
  0.0083 = sqrt{ (0.0621-0.0680)^2 + (0.8701-0.8701)^2 + (0.0678-0.0619)^2}  

  0.8538 = sqrt{ (0.3910-0.9984)^2 + (0.6016-0.0016)^2 + (0.0074-0.0000)^2} 
  0.8549 = sqrt{ (0.3902-0.9984)^2 + (0.6023-0.0016)^2 + (0.0075-0.0000)^2}
  1.2789 = sqrt{ (0.0621-0.9984)^2 + (0.8701-0.0016)^2 + (0.0678-0.0000)^2}

  0.0329 = sqrt{ (0.3910-0.4146)^2 + (0.6016-0.5787)^2 + (0.0074-0.0068)^2} 

Group1 vs Group2

        g2r1    g2r2    g2r3
g1r1    0.4235  0.4225  0.0083
g1r2    0.8538  0.8549  1.2789
g1r3    0.0329  0.0340  0.4614

第二步骤，找到每一行的最小或最小距离。

        g2r1        g2r2        g2r3
g1r1    0.4235      0.4225      **0.0083**
g1r2    **0.8538**  0.8549      1.2789
g1r3    0.0329*     **0.0340**  0.4614

列Match1的值为g1r1-g2r3，因为row，Row1-Group1和Row3-Group2的最小距离为0.0083。 g1r2-g2r1类似，因为Row2-Group1和Row1-Group2的最小值为0.8538。尽管0.0329是距离矩阵最后一行中的最小值，但我们跳过此值并选择下一个最小值0.0340，因为选择0.0329将导致将Row3-Group1与Row1-Group2配对，并且Row1-Group2已与Row2-Group1配对，因此我们选择了下一个最小值0.0340，即g1r1-g2r3。

第三步步骤，根据步骤2中的匹配观察结果计算平均生存率。

 (78.43507 - 27.26777) + (89.55533 - 67.49987) + (85.35468 -81.87669)/3 = 25.56692

我不确定如何以编程方式将这些步骤组合在一起，我将不胜感激任何建议或帮助将所有这些部分有效地组合在一起。

组之间的观察匹配

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