Question

我正在尝试安排R脚本在容器中运行。我有一个像这样的docker文件：

# Install R version 3.5
FROM rocker/tidyverse:3.5.1

USER root

# Install Ubuntu packages
RUN apt-get update && apt-get install -y \
    sudo \
    gdebi-core \
    pandoc \
    pandoc-citeproc \
    libcurl4-gnutls-dev \
    libcairo2-dev \
    libxt-dev \
    libssl-dev \
    xtail \
    wget \
    cron 



# Install R packrat, which we'll then use to install the other packages
RUN R -e 'install.packages("packrat", repos="http://cran.rstudio.com", dependencies=TRUE);'  


# copy packrat files
COPY  packrat/ /home/project/packrat/
# copy .Rprofile so that it know where to look for packages
COPY .Rprofile /home/project/
RUN R -e 'packrat::restore(project="/home/project");'

# Copy DB query script into the Docker image
COPY 002_query_db_for_kpis.R  /home/project/002_query_db_for_kpis.R
# copy crontab for db query
COPY db_query_cronjob /etc/crontabs/db_query_cronjob

# give execution rights
RUN chmod 644 /etc/crontabs/db_query_cronjob

# run the job
RUN crontab /etc/crontabs/db_query_cronjob


# start cron in the foreground 
CMD ["cron", "-f"]

它运行正常，然后cron作业静默失败。当我调查以下内容时：

docker exec -it   19338f50b4ed  Rscript `/home/project/002_query_db_for_kpis.R`

我得到的输出是：

Error in library(zoo) : there is no package called ‘zoo’
Execution halted

现在，脚本的第一部分如下：

#!/usr/local/bin/env Rscript --default-packages=zoo,RcppRoll,lubridate,broom,magrittr,tidyverse,rlang,RPostgres,DBI

library(zoo)

...

因此，显然没有找到包装。他们在那里。这就是packrat和复制.Rprofile的全部目的，并且似乎可以正常工作，因为如果我在运行容器的内部运行一个shell，可以在以下位置找到它们：

root@d2b4f6e7eade:/usr/local/lib/R/site-library#

，所有packrat文件也都显示在正确的位置..是否可能因为.Rprofile文件以'。'开头而未显示该文件？我可以更改吗？

更新

如果我不使用packrat，但可以正常安装软件包，则可以使用。深入研究容器的文件，可以看到/ usr / local / lib / R / site-library中没有所需的软件包，而/ home / project / packrat / src却有。因此，必须与在错误位置查找Rscript有关。我以为/ home / project中的.Rprofile可以解决该问题，但是它没有..也许我没有复制过其他内容？尽管我现在正在运行脚本，但是由于这些软件包可能是不同的版本（因此为什么我要使用packrat），所以它不是理想的，因此，如果有人能弄清楚如何使其与packrat一起使用，我会标记为答案正确无误。

Answer 1

根据问题和更新尝试几件事：

您是否忽略了.dockerignore中的packrat / lib *和packrat / src /目录？我担心您正在复制所有已构建的软件包，因此restore（）认为这些软件包已在您的容器中构建。
您的根容器在packrat.lock文件上是否具有可执行privs？显然会阻止还原运行。

将docker install用户更改为Rocker rstudio映像的默认“ rstudio”，仅移动packrat.lock和packrat.opts文件

   ffmpeg -i "c:\video.mp4" -c:v h264 -s 1280x720 -b:v 800k  -r 30 "C:\output.rm"

这些选项的很好参考：https://rviews.rstudio.com/2018/01/18/package-management-for-reproducible-r-code/

Rscript在容器中找不到已安装的软件包

1 个答案: