Question

我正在成功读取第一个代码块的CZI图像。我想用第二个代码块读取xx.czi.gz，但是失败了。如何将“ czi.gz”读入数组？

非常感谢！

from czifile import CziFile
import gzip

fname='xxx.czi'
with CziFile(fname) as czi:
  image_arrays = czi.asarray()

fname2='xxx.czi.gz'
with gzip.open(fname2, 'rb') as f:
  with CziFile(f) as czi:
    image_arrays = czi.asarray()

Answer 1

我认为问题在于CziFile需要文件路径。在情况2中，给它一个文件描述符。我没有看到从stream / fd初始化的方法。在阅读czi之前，您可能必须先解压缩然后保存gz

Answer 2

我认为@ Nico238是正确的-您需要先解压缩文件。但是，您不需要手动执行此操作。您可以使用Python程序来实现。看起来像这样：

import shutils
import gzip
from czifile import CziFile
fname='xxx.czi'
fname2='xxx.czi.gz'

# decompress fname2 and put it in fname
with gzip.open(fname2, 'rb') as f_in:
  with open(fname, 'wb') as f_out:
    shutil.copyfileobj(f_in, f_out)

with CziFile(fname) as czi:
  image_arrays = czi.asarray()

（Source。）

如何读取gzip压缩的CZI图像？

2 个答案: