从sCNA和点突变中识别基因

Question

我需要找到在分析中发现的与缺失和点突变重叠的基因。 我有一个带有修复基因列表的文件，我有3个文件：

• 修复基因列表RepairGenes.bed
• 删除列表Deletions.tsv
• 点突变列表PointMutation.pm

RepairGnes.bed

start   end         Name
133589333   133763062   ABL1
105235686   105262088   AKT1
40736224    40791443    AKT2
109525996   109531436   ALKBH2

Deletions.tsv

start   end
1823208 1831709
3631182 3661599
127006  135852
2089816 2097867

PointMuation.pm

position
396264 
774520 
774692 
1574863

我需要找到所有重叠的基因的列表（就像两个集合之间的交集）RepairGenes.bed，Deletions.tsv和 PointMutation.pm 。
我尝试过一堆来自Biocondictor的软件包，例如IRanges和GenesOverlap，但它们似乎还有其他用途。
有谁知道我该如何处理这项任务？