我可以在pybel格式转换期间捕获警告消息吗?

时间:2019-01-04 22:34:16

标签: python openbabel pybel

我有一个SMILES格式的分子列表,我将其转换为InChIKey格式。但是,其中许多正在生成警告。我希望能够生成一个文件,该文件显示在转换每个分子过程中生成的警告,以便团队成员可以对其进行审阅。是否可以通过编程方式捕获这些消息,而不仅仅是记录它们?

一个片段,说明我想做的事:

import pybel

smiles = pybel.readfile('smi', 'smiles.txt')
converted = []
for mol in smiles:
    smiles_str = mol.write('smiles')
    inchikey_str = mol.write('inchikey')
    warnings = None # Is there something I can do here to capture the warnings?
    converted.append((smiles_str, inchikey_str, warnings))

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