可行示例：

Question

我正在尝试在R中编辑一个函数，该函数位于名为“ TwoSampleMR”的程序包中，该函数本身称为“ forest_plot_1_to_many”，该函数针对结果绘制多个曝光的森林图。

我想更改绘图中文本的大小，不幸的是，字体大小是预先设置的，并且在调用函数时无法进行编辑。因此，我正在尝试编辑功能本身。很多文章说使用 trace（），但这使我感到困惑，我不认为这是我要查找的内容，因为我没有在代码中进行修正和错误，只是对其进行了更改。

我看到一篇文章说使用 fix（）或 edit（）进行功能的编辑，所以我尝试：修复（fores_plot_1_to_many）

并因此弹出编辑，我进行了调整-将'size = 10'调整为'size = 15'。

但是该函数根本无法工作并出现错误：

找不到函数“ forest_plot_names2”

我的问题是可以使用 fix（）和 edit（）来更改功能吗？

可行示例：

install_github('MRCIEU/TWOSampleMR')
library(TwoSampleMR)
library(cowplot)
library(gridExtra)
library(ggplot2)
#you then need data formated like this(use dget):

structure（list（id.idoexpo = c（“ 1”，“ 1”，“ 1”，“ 1”，“ 1”，“ 100”， “ 104”，“ 2”，“ 2”，“ 2”，“ 2”，“ 2”，“ 72”，“ 72”，“ 72”，“ 72”，“ 72”， “ 999”，“ 999”，“ 999”，“ 999”，“ 999”），id.outcome = c（“ 7”，“ 7”， “ 7”，“ 7”，“ 7”，“ 7”，“ 7”，“ 7”，“ 7”，“ 7”，“ 7”，“ 7”，“ 7”，“ 7”，“ 7” ”， “ 7”，“ 7”，“ 7”，“ 7”，“ 7”，“ 7”，“ 7”），结果=结构（c（1L， 1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L， 1L，1L，1L，1L，1L），. Label =“冠心病|| id：7”，类别=“因素”），曝光=结构（c（1L，1L，1L，1L，1L，2L，3L，4L，4L， 4L，4L，4L，5L，5L，5L，5L，5L，6L，6L，6L，6L，6L），. Label = c（“脂联素|| id：1”， “臀围|| id：100”，“腰围|| id：104”， “身体质量指数|| id：2”，“腰臀比|| id：72”， “身体脂肪|| id：999”），类=“ factor”），方法=结构（c（2L， 5L，1L，3L，6L，1L，4L，2L，5L，1L，3L，6L，2L，5L，1L，3L， 6L，2L，5L，1L，3L，6L），. Label = c（“方差反比加权”， “ MR Egger”，“简单模式”，“ Wald比”，“加权中位数”， “加权模式”），类=“因子”），nsnp = c（14，14，14， 14，14，2，1，79，79，79，79，79，30，30，30，30，30，10， 10，10，10，10），b = c（-0.117626170585508，-0.0897929616150017， -0.0859881930532524，-0.0481657038212953，-0.0924464446740587， -0.186310066104502，-0.446296296296296、0.502493509729729， 0.387006481544447、0.445909096953398、0.34015542866459、0.388824880964004， 0.319237123956867、0.440777466374666、0.479474060003586， 0.613267898718917、0.539371930718197，-0.099234917723361， 0.492007216440334、0.266451632000445、0.625148495006193， 0.584255954193752），se = c（0.099327158876229，0.052718121960683， 0.0701141773426372、0.0805966230812049、0.0480249872448083， 0.212900382630982、0.348251851851852、0.143960561723383， 0.073084143930427、0.0589830187629256、0.159504867346875， 0.103010766708134、0.670839958692018、0.130066610555476， 0.147334903140841、0.314200209490734、0.220010589431754， 1.62221372607913、0.165297837802832、0.329449407451525、0.239252578485129， 0.171657887534756），pval = c（0.259248511221647，0.0885183822967944， 0.220047295734388、0.560363740959668、0.0763956662641734， 0.381517091710096、0.200006460243279、0.000801258991849775， 1.18785466550157e-07、4.03202032734861e-14、0.0361057370718699， 0.000310917456068699、0.637854263026472、0.000701839665612893， 0.00113666506799647、0.0606742038535203、0.0204847853665443， 0.952722454601399、0.00291569423908827、0.418642505104635， 0.0281355793252735，0.00782847174837027））。名称= c（“ id.exposure”， “ id.outcome”，“ outcome”，“ exposure”，“ method”，“ nsnp”，“ b”，“ se”， “ pval”），row.names = c（NA，-22L），class =“ data.frame”）

#once you have the data saved as a dataframe you can use 
res1<-subset_on_method(res1)
res1<-sort_1_to_many(res1,b="b",sort_action=4)
forest_plot_1_to_many(res1,b="b",se="se",
                       exponentiate=F,ao_slc=F,lo=NULL,up=NULL,
                       TraitM="exposure",col1_width=1.3,by=NULL,
                       trans="identity",xlab= "(95% confidence interval)",
                       addcols=c("nsnp","b","se","pval"),addcol_widths=c(0.6,1.1,1.1,1.1),
                       addcol_titles=c("No.SNPs","Beta", "se","P-val")  
)  
#this will give a goo looking forest plot, you can then try edit the function using fix() or edit()
fix(forest_plot_1_to_many)
## OR 
var1 <- edit(forest_plot_1_to_many)

希望有效:) 谢谢

Answer 1

这可能是因为{ Id = xxx, Prefix = xxx, ArtistName = xxx, Artist = { Id = xxx, Name = xxx, Country = xxx } }使用了未导出的forest_plot_1_to_many函数。因为forest_plot_names2在forest_plot_1_to_many命名空间中，所以即使未导出它们，它也可以“看到”该命名空间中的其他函数。 ~~将功能复制到全局环境中时~~如果更改功能的环境，它将不再能“看到”那些未导出的功能。如果您使用TwoSampleMR，这是正确的~~，或者如果您只是打印功能并手动复制/粘贴/编辑/评估，则为~~。

要快速解决问题，可以使用fix来调用未导出的函数。当您::: fix替换为forest_plot_1_to_many时所有对forest_plot_names2的呼叫。例如，TwoSampleMR:::forest_plot_names2可能会导致更复杂的事情，但是我对此并没有太多经验。

使用fix（）或edit（）函数更改R

可行示例：

1 个答案: