在python中将行分组并汇总一列的值

时间:2019-01-03 16:34:17

标签: python pandas pandas-groupby

我有一个像这样的大文本文件:

小例子:

chr4    53382   53385   47  chr4    53382   53385   ZNF595  ENST00000509152.2   annotated
chr16   103500  103550  27  chr16   103475  103586  POLR3K  ENST00000293860.5   annotated
chr16   103550  103586  43  chr16   103475  103586  POLR3K  ENST00000293860.5   annotated
chr16   103584  103600  43  chr16   103584  104058  SNRNP25 ENST00000293861.3   annotated
chr16   103900  103950  37  chr16   103584  104058  SNRNP25 ENST00000293861.3   annotated

我想根据第8列对行进行分组,并对属于同一组的行中第4列的值求和。

我尝试了以下代码:

b = pd.read_csv("myfile.txt", sep='\t')
df = d.groupby(7)(3).sum()
df.to_csv('outfile.txt', sep='\t', index=None)


chr4    53382   53385   47  chr4    53382   53385   ZNF595  ENST00000509152.2   annotated
chr16   103550  103586  70  chr16   103475  103586  POLR3K  ENST00000293860.5   annotated
chr16   103584  103600  80  chr16   103584  104058  SNRNP25 ENST00000293861.3   annotated

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