Question

我正在尝试在一组文件上运行某些生物信息学软件，但是当我着嘴提交该工具时，该工具意外失败，这显然是由于输入文件列表的传递不当所致。如果我在命令行上运行它，它似乎可以工作。我在下面替换了一些玩具文件名，因为实际名称很长。该工具称为rMAT，但该工具本身与我的问题无关。

我使用.sbatch文件从命令行将作业提交到集群，如下所示：

sbatch job.sbatch group1.txt group2.txt

这两个文本文件包含逗号分隔的数据文件列表。在.sbatch文件中，我将变量传递给生物信息学工具，如下所示：

#!/bin/bash
#SBATCH --time=00:00:20
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH -o ./o.%j
#SBATCH --err ./e.%j
#SBATCH --account=owner-guest
#SBATCH --partition=server-guest

bioinfotool.py -arg1 `more group1.txt` -arg2 `more group2.txt`

我这样做是因为生物信息学工具显然无法直接解析文本文件。

但是，它仍然不起作用，我认为这是由于我使用了反引号和more命令。我尝试通过添加回显语句进行调试

echo `more group1.txt`

输出应为

sample1.bam,sample2.bam,sample3.bam

但是，实际输出是

:::::::::::::: group1.txt :::::::::::::: sample1.bam,sample2.bam,sample3.bam

因此，在我看来，这个莫名其妙的逗号字符串+文件名+逗号字符串在传递给生物信息学工具之前已被添加到我的文件列表中。

谷歌搜索“'一串逗号'+ lur饮”之类的东西是徒劳的，所以我不得不提出自己的问题。

这些逗号从何而来？有没有更好的方法从txt文件中提取文件名字符串？

谢谢

编辑：使用“ cat”而不是“ more”解决了该问题。

Answer 1

more是一个交互式程序，您看到的冒号很可能是冒号more用于显示它期望用户输入的信息。

如果只想转储文件内容，则需要cat：。

bioinfotool.py -arg1 `cat group1.txt` -arg2 `cat group2.txt`

您也可以直接从终端cat group1.txt运行此程序，以查看所期望的内容。

请注意，在Bash这样的Bourne外壳中，您可以使用$（cat group1.txt）而不是使用反引号，该反引号允许嵌套和更多选项，但是在您的用例中应该无关紧要。

口齿不清的工作会在使用更多时产生神秘的冒号字符串

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