Question

我正在使用Singularity 3.0，并尝试从DockerHub中提取容器映像并在大学集群上运行它。我跟随this recipe开始使用。

singularity pull --name rstudio-3.5.2.sif docker://rocker/rstudio:3.5.2
singularity exec --bind example-project-1/:/home/rstudio/ rstudio-3.5.2.sif rserver --www-port 8787

容器过程开始，但是当我尝试通过浏览器连接时，出现以下错误日志。

01 Jan 2019 12:07:22 [rsession-pughdr] ERROR system error 30 (Read-only file system) [path=/home/pughdr/.rstudio, target-dir=]; OCCURRED AT: rstudio::core::Error rstudio::core::FilePath::createDirectory(const string&) const /home/ubuntu/rstudio/src/cpp/core/FilePath.cpp:846; LOGGED FROM: rstudio::core::FilePath rstudio::core::system::userSettingsPath(const rstudio::core::FilePath&, const string&) /home/ubuntu/rstudio/src/cpp/core/system/PosixSystem.cpp:486
01 Jan 2019 12:07:22 [rsession-pughdr] ERROR system error 30 (Read-only file system) [path=/home/pughdr/.rstudio, target-dir=]; OCCURRED AT: rstudio::core::Error rstudio::core::FilePath::createDirectory(const string&) const /home/ubuntu/rstudio/src/cpp/core/FilePath.cpp:846; LOGGED FROM: int main(int, char* const*) /home/ubuntu/rstudio/src/cpp/session/SessionMain.cpp:1689

似乎容器中的文件系统是只读的。如何构建（或运行）容器以使容器的文件系统可写？

更新：

我能够按如下方式在大学集群上运行RStudio服务器。

singularity exec --home my-project-directory rstudio-3.5.2.sif rserver --www-port 8787

这似乎可行，因为奇点自动将主机上的用户主目录自动安装到容器中，并且在上面我将主目录重新定义为my-project-directory。

但是由于文件系统不可写，我仍然无法将R软件包安装到容器中。

> install.packages(c("plyr", "dply", "tidyr", "ggplot2"))
Installing packages into ‘/usr/local/lib/R/site-library’
(as ‘lib’ is unspecified)
Warning in install.packages :
  'lib = "/usr/local/lib/R/site-library"' is not writable
Would you like to use a personal library instead? (yes/No/cancel) cancel
Error in install.packages : unable to install packages

最初的问题仍然存在：如何创建具有可写文件系统的Singularity 3. *容器？如果不可能，请解释为什么。

Answer 1

阅读此https://developer.roblox.com/en-us/articles/GUI-Animations，显然可以解决有关软件包安装的问题：

在主目录中创建一个<div class="imagecontainer"> <p class="mainp">Looking to maximize the <br>productivity ?</p> <button class="appstartbtn" type="submit">Try For Free</button> </div>文件，并按如下所示设置.Renviron：

R_LIBS_USER

这为我解决了软件包安装问题。

Answer 2

在您的容器中尝试--writable标志：

singularity build --writable rstudio-3.5.2.sif docker://rocker/rstudio:3.5.2

singularity exec --writable --bind example-project-1/:/home/rstudio/ rstudio-3.5.2.sif rserver --www-port 8787

Answer 3

您可以使用--sandbox选项创建沙箱文件夹。

您也可以为奇点2.5创建一个虚拟机/流浪者

如何使用Singularity 3使用可写文件系统构建/运行容器？

3 个答案: