整理Igraph图

Question

给出以下两个用于绘制图的向量，分别是边线之一和权重之一：

edg <- c("ES1-3", "ES4-6", "ES4-6", "ES6-8", "ES6-8", "ES7-9", "ES7-9", 
"ES10-12", "ES10-12", "ES13-15", "ES13-15", "ES16-18", "ES16-18", 
"ES19-21", "ES19-21", "ES22-24", "ES22-24", "ES25-27", "ES25-27", 
"ES28-30", "ES28-30", "ES31-33", "ES31-33", "ES34-36", "ES34-36", 
"ES37-38", "ES13-15", "SA1-3", "SA1-3", "SA4-6", "SA4-6", "SA7-9", 
"SA7-9", "SA10-12", "SA10-12", "SA13-15", "SA13-15", "SA16-18", 
"SA16-18", "SA19-21", "SA19-21", "SA22-25")

使用上述向量绘制代码：

g1 <- make_graph(edges=edg)

权重向量：

E(g1)$weight = c(0.0051, 0.0022, 0.0152, 0.0257, 0.0039, 0.0109, 0.012, 
0.0275, 0.0108, 0.029, 0.0061, 0.0134, 0.0205, 0.0129, 0.0081, 0.0035, 
0.02, 0.0094, 0.0095, 0.0161, 0.0199)

现在请使用以下代码查看我得到的绘图：

 plot(g1,
 edge.label = E(g1)$weight,
 edge.arrow.size=.4,
 vertex.color='orange',
 vertex.size=7, 
 vertex.frame.color="orange",
 vertex.label.color="black", 
 vertex.label.cex=0.8,
 vertex.label.dist=1.1,
 margin=-.2,
 vertex.shape='circle')

在该图上有几个问题，我无法正确解决：

1. 尽管为edge.arrow.size=.4提供了一个常数，但是边缘箭头的大小不同，即某些箭头比其他箭头大，我希望它们的大小都相同。

   < / li>

2. 我想在'SA's的右分支（即'SA1-3''SA4-6'等）上用不同的颜色编码。我读到它与创建属性有关，就像我创建的权重向量一样，但无法正确找出。

3. 我想拥有一个更整洁的图表，即不重叠的边缘标签，其数字应在箭头上方。正如您在plot(g1,...)代码中看到的那样，我尝试调整了几个参数，但是没有一个参数给出了看起来像样的整洁图。

4. 每次我在R上运行下面描述的plot(g1,...)代码时，我都会得到不同形状的图。那就是分支大小的变化，例如，左边的分支原来在右边，反之亦然。这是为什么 ？为什么igraph每次运行代码时都不断为​​我提供不同形状的代码，而无需进行任何修改？

Answer 1

正如@RuiBaradas所评论的那样，默认布局有一个随机元素。为了使布局可重复，您必须明确指定布局或使用set.seed(123)之类的种子来设置种子。但是，图形上有许多竞争标签。您几乎随机执行的任何操作都会出现问题，因此，我建议您进行明确的布局。我将在下面显示。要更改顶点颜色，只需指定颜色向量而不是单个常量即可。这也显示在下面。我还调整了vertex.label.dist和vertex.label.degree来控制标签相对于节点的位置。我看不到使用不同箭头大小的问题。

使用数据：

## First make a color map 
ColMap = rep("orange", vcount(g1))
ColMap[grep("^SA", V(g1)$name)] = "red"

## Create an explicit layout of the vertices 
## that will separate the labels
LO = matrix(0, nrow=22, ncol=2)
LO[1:5,1]   = 5:1
LO[7:14,1]  = (1:8)/1.7
LO[15:22,1] = (1:8)/1.7
LO[7:14,2]  = -(1:8)
LO[15:22,2] = 2:9


plot(g1, layout=LO,
  edge.label = E(g1)$weight,
  edge.label.cex = 0.8,
  edge.arrow.size=.4,
  vertex.color=ColMap,
  vertex.size=7, 
  vertex.frame.color="orange",
  vertex.label.color="black", 
  vertex.label.cex=0.8,
  vertex.label.dist=c(rep(1.2,5), rep(2.2,17)),
  vertex.label.degree = c(rep(-pi/2, 5), pi, rep(-0.1,8), rep(0.1,8)),
  margin=-.2,
  vertex.shape='circle')

考虑到您要包装多少到该图中，这看起来还不错。至少，您可以阅读所有内容。如果您不喜欢该形状，则可以调整布局以将内容放置在所需的位置。