Question

我正在开发一个名为VSHunter的R包，需要将NMF包作为依赖项，但是，每次加载NMF会抛出很多消息时，我都不知道如何抑制它们。

> devtools::load_all(".")
Loading VSHunter
Loading required package: NMF
Loading required package: pkgmaker
Loading required package: registry

Attaching package: ‘pkgmaker’

The following object is masked from ‘package:base’:

    isFALSE

Loading required package: rngtools
Loading required package: cluster
NMF - BioConductor layer [OK] | Shared memory capabilities [NO: 
bigmemory] | Cores 7/8
  To enable shared memory capabilities, try: install.extras('
NMF
')

我不想打扰用户并期待结果

> devtools::load_all(".")
Loading VSHunter

和

> library(VSHunter)
Loading VSHunter

Answer 1

在使用devtools::load_all加载程序包时，您可以采取一些措施来减少噪音：

devtools::load_all(..., quiet = TRUE)处理此 this 单个程序包的消息，但不一定处理从属程序包
尝试在./R/zzz.R函数的onLoad中显式加载所需的软件包。例如：
```
.onLoad <- function(libname, pkgname) {
  invisible(suppressPackageStartupMessages(
    sapply(c("tibble", "purrr", "dplyr", "tidyr", "ggplot2", "data.table"),
           requireNamespace, quietly = TRUE)
  ))
}
```
（顺便说一句：我在这里使用sapply是为了保持懒惰，并不是说它会增加很多事情。它很可能是for循环，没有任何后果。）

有关使用requireNamespace代替library的讨论，请参见"library vs require"和"Writing R Extensions"的声明

软件包中的
R代码应调用库或仅需特殊要求。对于“ Depends”中列出的程序包，此类调用将不再需要，因为它们已经在搜索路径中。在使用了功能的函数中，对“建议”中列出的包使用require调用是一种常见的做法，但如今，最好通过::调用来访问此类功能。

从技术上讲，我们不需要做什么，但是我认为通过强制这样做可以鼓励更安静的操作。（这是

请注意，我使用了suppressPackageStartupMessages。 “礼貌的”软件包维护者使用packageStartupMessage而不是message来加载消息：后者要比前者花费更多的工作并且没有多大区别，后者很容易受到抑制，而不会产生意想不到的后果。有很多软件包不这样做，我认为为此提交PR可以解决。

关于requireNamespace的另一条评论：这意味着那些软件包中的函数将不在R会话的搜索路径中。如果用户将始终使用某些软件包（例如data.table或dplyr），则您可能想用library显式加载它们。再次从“编写R扩展” ：

字段'Depends'如今应很少使用，仅用于打算放在搜索路径上以使最终用户可以使用其工具的软件包（而不是软件包本身）：例如，有意义的是PackageExtra软件包的用户将需要使Package格子的功能可用。

但是，如果您对自己的软件包比较满意，那么对于所有非基本软件包都使用::表示法。当然，可以使用::来解决问题，但是（1）CRAN检查有时会非常激烈；（2）显式通常是“一件好事（tm）”；（3）它实际上可以使可维护性要容易得多（例如，当从属程序包更改其API / ABI，并且您需要检查对其程序包的所有调用时，与单独搜索每个函数相比，搜索pkgname::要容易得多）。
某些软件包过于宽松地使用.onLoad，它们执行的操作不是严格必需的，并且/或者具有不必要的副作用。为此，您始终可以编写诸如load_deppkgs_silently(updatesearchpath=TRUE)之类的函数，可以在存在选项的情况下手动调用或加载该函数。（我在这里考虑您的最终用户，我非常喜欢提供灵活性以及能够以自己的方式不加载内容的能力。）

R包开发如何抑制从依赖包生成的消息？

1 个答案: