运行fastStructure时出错：ImportError：没有名为allelefreq的模块

Question

我正在尝试运行faststructure软件。安装numpy，scipy，cython，gsl1.16后，当我尝试运行“ python structure.py”时，出现以下错误：

$ python structure.py
Traceback (most recent call last):
  File "structure.py", line 3, in <module>
    import fastStructure
  File "vars/admixprop.pxd", line 5, in init fastStructure
    cdef class AdmixProp:
  File "allelefreq.pxd", line 7, in init admixprop
ImportError: No module named allelefreq

有人可以帮助我吗？任何帮助将不胜感激。

Answer 1

我记得cython的一些新版本存在一些问题（忘记详细信息），但是降级cython版本可能是一个解决方案：

就像这样：

pip uninstall cython
pip install cython==0.27.3

然后按照文档所述再次构建，并记住添加-f以强制更新，如下所示：

cd ~/proj/fastStructure/vars
python setup.py build_ext -f --inplace

cd ~/proj/fastStructure
python setup.py build_ext -f --inplace