如何遍历我所有的.fasta文件？

Question

我写了一个代码来遍历目录中的所有.fasta文件，但无法正常工作。我希望它与我的-db Viral.fna匹配并输出（fasta文件名）.txt和-outfmt 6

我尝试了2种不同的密码

for f in file1.fasta file2.fasta etc ...
do blastn -db Viral.fna -query $f.fasta  -out $f_output3.txt -outfmt 6
Done

不起作用：给我这个错误

Command line argument error: Argument "query". File is not accessible:  `file1.fasta.fasta'and repeated for all the files

我也尝试过这个：

for f in 'ls *.fasta' 
do  blastn -db Viral.fna -query $f  -out $f_output3.txt -outfmt 6
Done

有人可以帮助我弄清楚如何使此循环有效吗，但我不断收到错误消息

Too many positional arguments (1), the offending value: 123.fasta

Answer 1

.fasta扩展名已经是$ f的一部分，因此请不要添加它。而且，如果任何文件名中都有空格，则必须在使用$ f的地方使用引号：

-query "$f" -out "$f"_output3.txt

此外，当您编写$ f_output3.txt时，shell会认为您想要使用一个名为f_output3的变量，该变量不存在