问题1

Question

我创建了一个ggplot函数来绘制下面给出的数据组（对不起，我不知道如何发布数据文件）此图存在三个问题：

1。Y轴标题带有上标字符。因此，无法将其加粗（x轴标题的格式相同）

2。图例标题定义为“组ID”。但是代码使用列标题“ GroupID”忽略了定义。（代码行“ scale_fill_discrete（“ Group ID”）“应设置图例标题。）

3。误差线的宽度不是恒定的，它随着点的变化而变化（绿色的点很容易看到）

感谢您为解决这些问题所提供的帮助。

代码：

library(ggplot2)

# Colors
Mycolors<- c("blue", "red", "green", "cyan", "orange", "brown", "magenta", "grey", "black")
# Shapes
Myshapes<-c(15:25,0:2)
# Plot position
Mypd <- position_dodge(width = 0.2)

# Read data
mData<-read.csv("F:/user/documents/R/Notebooks/Ggplot/TestData.csv")

pAllGroupData<-function(mData, xLabel, yLabel, gTitle, sTitle, sCaption, yType, gErrType) {

  v <- mData$dMean
  x <- mData$DayNum

    p <- ggplot(data = mData, mapping = aes(x = x, y = v, color = GroupID, shape = GroupID))
    p <- p + geom_line(position = Mypd) +
             geom_point(position = Mypd, size = 4)

  # Plot errorbars  
    if (gErrType == "StdErr") {
      p<- p + geom_errorbar(aes(x = x, ymin = v - mData$dStdErr, ymax = v + mData$dStdErr), width=1.5, position=Mypd)
    } else if (gErrType == "StdDev") {
      p<- p + geom_errorbar(aes(x = x, ymin = v - mData$dStdDev, ymax = v + mData$dStdDev), width=1.5, position=Mypd)
    } else if (gErrType == "IQR")  {
      p<- p + geom_errorbar(aes(x = x, ymin = v - mData$dIQR, ymax = v + mData$dIQR), width=1.5, position=Mypd)
    }

  # Turn Y axis logarithmic and place log ticks
  if (yType == "Log") {
     p<- p + ylim (1, vMax) + # This is to avoid log(0)
      coord_trans(y = "log10") +
      annotation_logticks(sides = "lr", scaled=FALSE)  # ticks are only left and right y axes
  }

  # Plot the graph with theme
  p <- p +
    labs(x = xLabel, y = yLabel, title = gTitle, subtitle = sTitle,  caption = sCaption) +
    # Include origine (0, 0)
    expand_limits(x = 0, y = 0) + 
    # Custom Colors
    scale_colour_manual(values = Mycolors) +
    # Custom Shapes
    scale_shape_manual(values = Myshapes) +
    # Legend Title (not working!)
    scale_fill_discrete("Group ID")

  p <- p + gTheme(p)

  return(p)
}

# Test
p<-pAllGroupData(mData, xLabel = "Days", yLabel = bquote("Volume "~(mm^3)), gTitle = "Study", sTitle = "X", sCaption = "SCaption", yType = "Lin", gErrType = "StdDev")
p

数据：

GroupID DayNum  n   dMean   dMedian dStdDev dStdErr dIQR
Grp1    13  8   207.03  211.45  13.04   4.61    11.73
Grp1    15  8   288.15  274.40  48.98   17.32   33.25
Grp1    18  8   393.50  381.15  63.63   22.50   52.98
Grp1    21  8   507.63  499.80  73.06   25.83   80.88
Grp1    26  8   636.14  614.65  112.53  39.79   206.53
Grp2    13  8   207.05  205.25  41.00   14.50   72.35
Grp2    15  8   142.76  145.60  27.87   9.85    33.70
Grp2    18  8   77.55   82.55   19.44   6.87    22.88
Grp2    21  8   66.38   69.85   20.56   7.27    23.00
Grp2    26  8   67.05   64.20   29.02   10.26   25.48
Grp2    29  8   66.48   63.85   25.95   9.17    19.38
Grp2    33  8   76.96   74.25   25.31   8.95    28.60
Grp3    13  8   207.94  219.65  34.42   12.17   47.18
Grp3    15  8   149.56  155.25  45.74   16.17   70.68
Grp3    18  8   134.83  128.00  59.10   20.90   66.20
Grp3    21  8   164.99  159.40  67.86   23.99   93.63
Grp3    26  8   149.53  160.05  62.48   22.09   100.58
Grp3    29  8   162.21  184.25  61.21   21.64   113.33
Grp3    33  8   177.19  184.00  68.99   24.39   110.35
Grp3    36  8   192.13  160.25  94.93   33.56   122.30

Answer 1

当您遇到多个问题时，建议将您的问题分为几篇。同时，这是我为您提供的尝试：

问题1

将yLabel = bquote("Volume "~(mm^3))替换为yLabel = bquote(bold("Volume " ~ (mm ^ 3)))（注意bold）。谨在此提醒您，此问题是在过去的here和here

中解决的

问题2

您不使用任何填充美学，因此请scale_fill_discrete("Group ID")和{{1}中删除scale_colour_manual，对于您实际使用的每种美学（颜色和形状），该scale_shape_manual均无效}添加name = "Group ID"（图例所需的标题）：

scale_colour_manual(name = "Group ID", values = Mycolors) +
scale_shape_manual(name = "Group ID", values = Myshapes)

问题3

某些on GitHub, here（链接也包含解决方案）似乎已将其报告为问题

关于SO的类似问题：ggplot2 position_dodge affects error bar width和Width of error bars in ggplot2，都有一些可供您探索的答案。

因此，您应该将误差线的宽度缩放为每个DayNum的行数。因此，在data.frame中创建一个新列，像这样说width：

library(dplyr)

mData <- mData %>%
  group_by(DayNum) %>%
  mutate(width = 1.5 * n())

然后，您必须在从width删除任何ggplot属性的同时，将此列映射到width的{{1}}美学中。

这是一个包含您的数据的有效示例，涵盖了所有3个问题。

您的数据：

geom_errorbar

一个有效的例子：

mData <- read.table(
  text = "
  GroupID DayNum  n   dMean   dMedian dStdDev dStdErr dIQR
  Grp1    13  8   207.03  211.45  13.04   4.61    11.73
  Grp1    15  8   288.15  274.40  48.98   17.32   33.25
  Grp1    18  8   393.50  381.15  63.63   22.50   52.98
  Grp1    21  8   507.63  499.80  73.06   25.83   80.88
  Grp1    26  8   636.14  614.65  112.53  39.79   206.53
  Grp2    13  8   207.05  205.25  41.00   14.50   72.35
  Grp2    15  8   142.76  145.60  27.87   9.85    33.70
  Grp2    18  8   77.55   82.55   19.44   6.87    22.88
  Grp2    21  8   66.38   69.85   20.56   7.27    23.00
  Grp2    26  8   67.05   64.20   29.02   10.26   25.48
  Grp2    29  8   66.48   63.85   25.95   9.17    19.38
  Grp2    33  8   76.96   74.25   25.31   8.95    28.60
  Grp3    13  8   207.94  219.65  34.42   12.17   47.18
  Grp3    15  8   149.56  155.25  45.74   16.17   70.68
  Grp3    18  8   134.83  128.00  59.10   20.90   66.20
  Grp3    21  8   164.99  159.40  67.86   23.99   93.63
  Grp3    26  8   149.53  160.05  62.48   22.09   100.58
  Grp3    29  8   162.21  184.25  61.21   21.64   113.33
  Grp3    33  8   177.19  184.00  68.99   24.39   110.35
  Grp3    36  8   192.13  160.25  94.93   33.56   122.30",
  header = TRUE
)

ggplot问题-如何将y轴标签设置为粗体，如何编辑图例标题和调整误差线的宽度

1 个答案:

问题1

问题2

问题3