python - Joblib未写入共享内存

我有大量的defaultdict(dict)的numpy数组。我想将其保存在共享内存中，并在其完全形成后使用它进行写入。

我正在为此目的使用joblib。


from collections import defaultdict
import os, tempfile
from joblib import Parallel, delayed, load, dump
import numpy as np

def mean(data, i):
    return np.mean([np.mean(data[i][j]) for j in data[i]])

class BigData(object):
    def __init__(self, tmp_dir="/mnt/", workers = 10):
        self.big_data = defaultdict(dict)
        self.workers = workers

        assert os.path.isdir(tmp_dir), "tmp_dir does not exists"
        self.temp_folder = tempfile.mkdtemp(dir=tmp_dir)
        filename = os.path.join(self.temp_folder, "big_data.json")
        if os.path.exists(filename): os.unlink(filename)
        dump(self.big_data, filename)
        self.big_data = load(filename, mmap_mode="w+")
        print("Memory map of big_data: {}".format(filename))

        self.fill_big_data()
        # dump(self.big_data, filename)
        # self.big_data = load(filename, mmap_mode="r+")
        self.use_big_data()

    def fill_big_data(self):
        for i in range(100):
          for j in range(10):
            self.big_data[i][j] = list(np.ones(int(1e6)))

    def use_big_data(self):
        results = Parallel(n_jobs = self.workers)(delayed(mean)(self.big_data,i) for i in  range(10))
        print(results)



bd = BigData(tmp_dir="/mnt/tmp_data")

上面是我想要做的一个玩具示例。我不想将self.big_data更改为numpy array。

执行Parallel时，此代码崩溃。如果我正确理解，joblib将使用提供的参数在后端运行几个独立的进程。每个进程的参数将被复制，因此将self.big_data传递给多个进程变得不可行。

但是，当我创建memmap的{{1}}时，似乎是将其填充到内存中，而不是实际写入文件中。我知道这样做是因为否则速度会成为问题。

我想假设，由于self.big_data是self.big_data，因此在调用Parallel时，进程应该将指针传递到memmap。相反，它将为每个进程复制整个字典。

传递temp_folder似乎也无济于事。

Parallel(n_jobs = self.workers, temp_folder="/mnt/")(delayed(mean)(self.big_data,i) for i in  range(10))

当将memmap作为指针而不是数据结构传递时，有人可以阐明一下吗？

Joblib未写入共享内存

0 个答案: