试图拟合混合模型时secr.fit的错误'FUN(X [[i]],...)中的错误:'

时间:2018-12-15 05:15:07

标签: r spatial mixture-model

在考虑了小插曲和论坛搜索之后,我无法解决以下错误。

我正在使用R(由Murray Efford开发)中的secr软件包进行多会话分析。

运行此模型时

 fit_age0 <- secr.fit(bothCH, mask = mask,  detectfn = 2, trace = F, hcov = 'age') 

我收到此错误

  

FUN(X [[i]],...)中的错误:第一个混合模型失败   第一天不使用检测器。

下面是用于创建相关capthist文件的代码。如果我知道具体问题在哪里,我将进一步减少这种情况。请让我知道是否需要其他信息来帮助回答这个问题。

library(secr)
library(RColorBrewer)
library(sp)
library(rgdal)
library(GISTools)
library(raster)
library(readxl)
#--------------------

###Input files and create capthist####
captfile <- "captfile_both.xlsx"
trapfile <- "trapfile_both.csv"

suggest.buffer(bothCH)
#########
#276 395#
#########

# quick and biased estimate of sigma (metres)
initialsigma_both <- RPSV(bothCH, CC = TRUE) 
initialsigma_both 
##############
#$`OUT`      #
#[1] 85.34081#
#            #
#$IN         #
#[1] 118.8134#
##############

buffer <- 800
bothCH <- read.capthist(captfile = captfile, trapfile = trapfile,
                        skip = 1, detector = "proximity",
                        covnames = c("age"))            

bothCH <- split(bothCH, grepl('IN',rownames(traps(bothCH))), bytrap = TRUE)

# drop last 2 occasions for OUT (no cameras working)
bothCH[[1]] <- subset(bothCH[[1]], occasions=1:78)
usage(traps(bothCH[[1]])) <- usage(traps(bothCH[[1]]))[,1:78]

#### Clear repeat observations
bothCH <- reduce(bothCH, dropunused = FALSE)    
verify(bothCH)

session(bothCH) <- c('OUT',"IN")

下面是我的陷阱文件和capt文件布局的示例。

traps file format

Capt file format

在我真的很努力地完成此分析的过程中,谢谢您的任何建议。

Full capt file (dummy data)

Full trap file (actual data)

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