使用R绘制组内个体与焦点动物之间的距离

Question

我一直在查看这篇出色的文章（Plotting group distances in R），我想知道是否有人在绘制对象与小组中某个焦点（例如焦点动物）之间的距离时遇到问题。我们正在收集有关焦点对象的组内组成员之间距离的数据。我一直在寻找有关如何绘制距焦点对象的单个距离并显示标准偏差的想法。在我看来，我有一个类似这样的情节：an example with 5 subjects, a focal subject in the center and four group mates

我的数据组织如下（例如：F是该观察中的焦点动物，BCDA是观察到的同伴，以米为单位报告了距离）：

FOCAL   B   F   C   D   A
F   6   NA  10  4   3
F   10  NA  10  5   5
F   6   NA  10  6   5
F   6   NA  10  8   5
F   6   NA  10  2   5
F   2   NA  11  2   5
F   2   NA  11  2   5
F   2   NA  NA  2   3
F   1   NA  3   NA  1
F   2   NA  NA  5   3
F   2   NA  NA  2   3
F   1   NA  NA  2   5
F   1   NA  6   2   5
F   1   NA  8   2   5
F   1   NA  9   2   NA
F   1   NA  4   2   5
F   1   NA  7   2   5
F   1   NA  7   2   5
F   1   NA  7   2   5

感谢您的帮助和想法。

Answer 1

这并不是您所要求的，但是一个想法是使用ggplot和极坐标。您可能需要使用不同的选项。例如，我非常喜欢小提琴情节...

library(tidyverse)
df %>% select(A, B, C, D) %>%         #select the variables of interest
  gather(key=id, value=dist) %>%      #convert to long format
  ggplot(aes(x=id, y=dist)) +
  geom_violin() +
  coord_polar(theta = "x")

或者您可以尝试使用箱线图，或分别绘制均值和偏差，或者任何适合您的方法。

但是-请记住极坐标的扭曲效果-很难直观地理解它们。坚持使用直角坐标，可能会获得更具可读性和代表性的图表。