这是关于将示例代码用于SKAT package(对于基因组学而言)。当我将Jupyter Notebook与R内核一起使用时,下面的代码将挂在给定的行上。当我使用RStudio时,它执行得很好。
library(SKAT)
data(SKAT.example)
names(SKAT.example)
attach(SKAT.example)
IDX<-c(1:200)
obj.s<-SKAT_Null_Model(y.b[IDX] ~ X[IDX,], out_type='D')
#below is the problem line
SKAT(Z[IDX,], obj.s, kernel='linear.weighted')$p.value
但是,以下代码将正确执行。因此,我怀疑该问题与索引编制有关。我找不到有关挂有索引问题的Jupyter R内核的任何信息……有人知道这是怎么回事吗?
obj.s<-SKAT_Null_Model(y.b ~ X, out_type='D')
SKAT(Z, obj.s, kernel='linear.weighted')$p.value