Question

我有一个大型文本文件，其中包含许多这样的条目：

                     /locus_tag="PREFIX_05485"

包括开头的空白。不幸的是，第一个标识符不是以00001开头。

此行中唯一更改的部分是数字。

我想更改PREFIX（我可以使用sed轻松地做到这一点），但我也想减少数量，使其看起来像这样：

                     /locus_tag="myNewPrefix_00001"

（下一个条目应为..."myNewPrefix_00002"，依此类推）。或者，该条目也可以不带前导零。

据我所知，sed无法计算（就像减去常数一样）。有什么想法可以解决吗？

非常感谢。如果问题不清楚，请告诉我，我会尽力改善。

编辑：有时相同的数字出现两次（例如，在修改后的文件中也应该如此

                     /locus_tag="PREFIX_12345"
                     /locus_tag="PREFIX_12345"
                     /locus_tag="PREFIX_12346"
                     /locus_tag="PREFIX_12347"

应该在最后

                     /locus_tag="myNewPrefix_00001"
                     /locus_tag="myNewPrefix_00001"
                     /locus_tag="myNewPrefix_00002"
                     /locus_tag="myNewPrefix_00003"

Answer 1

您可以使用awk：

awk -v pf='myNewPrefix' 'BEGIN{FS=OFS="="}
$1 ~ /\/locus_tag$/ && split($2, a, /_/) == 2 {
   $2 = sprintf("\"%s_%05d\"", pf, (a[2] in seen ? i : ++i)); seen[a[2]]
} 1' file

                 /locus_tag="myNewPrefix_00001"
                 /locus_tag="myNewPrefix_00001"
                 /locus_tag="myNewPrefix_00002"
                 /locus_tag="myNewPrefix_00003"

Answer 2

检查此Perl衬板

/tmp> cat littlebird.txt
abcdef
                     /locus_tag="PREFIX_12345"
hello hai
                     /locus_tag="PREFIX_12345"
                     /locus_tag="PREFIX_12346"
                     /locus_tag="PREFIX_12347"
123 456
end
/tmp> perl -pe 'BEGIN{$r=qr/PREFIX_(.+)["]/} if(/$r/) {$kv{$1}++;$kv{$1}==1 and $kv2{$1}=sprintf("%04d",++$i) for(keys %kv) } s/$r/PREFIX_$kv2{$1}/g ' littlebird.txt
abcdef
                     /locus_tag="PREFIX_0001
hello hai
                     /locus_tag="PREFIX_0001
                     /locus_tag="PREFIX_0002
                     /locus_tag="PREFIX_0003
123 456
end
/tmp>

bash：在前缀后减去常数

2 个答案: