Question

我正在尝试使用bcftools合并3000个细菌bcf文件。 vcf文件是使用GATK生成的，已转换为bcf，并由bcftools编制了索引。 bcftools继续分析20％的数据，但它会终止终止，并且仅对一部分变体（来自2M细菌基因组的最大500kb）生成合并的bcf文件。我正在使用的代码是这样的：

bcftools1.7/bcftools merge -l VarList.txt -0 --missing-to-ref --threads 1 -O b > CombinedVCF

输出错误为：

/bin/sh: line 1: 17041 Segmentation fault (core dumped) bcftools/bcftools merge -l VarList.txt -0 --missing-to-ref --threads 1 -O b > CombinedVCF

以前，我对400个样本尝试了相同的命令，没有任何问题。

在线搜索，“当对变量的引用落在该变量所驻留的段之外时，或者尝试对只读段中的位置进行写操作时，就会发生段错误。该命令在具有80Gb可用RAM的群集上运行，用于特定作业。我不确定这个错误是由于bcftools软件本身的问题还是由于运行命令的系统的限制引起的？

这是示例bcf文件，用于复制错误（https://figshare.com/articles/BCF_file_segfault/7412864）。该错误仅在样本量较大时出现，因此我无法再减小样本量。

Answer 1

我不确定这个错误是由于bcftools软件本身的问题还是由于运行命令的系统的限制？

当程序崩溃时，它总是程序本身中的错误-如果遇到系统限制，则应告诉您这样（例如{{ 1}}）而不是崩溃。

您的第一步应该是找出崩溃的：

unable to allocate NNN bytes

GDB应该以{{1}}停止。此时，在gdb -ex run --args bcftools1.7/bcftools merge -l VarList.txt -0 --missing-to-ref --threads 1 -O b提示符下键入Program received SIGSEGV，where，info registers和info locals，然后使用输出更新您的问题。

此输出将可能使某人确定您正在运行的错误，可能的解决方法，等等。

如果您要向他们报告问题，这也是x/20i $pc-40开发人员所需要的信息。

Answer 2

在将成千上万个vcf文件与bcftools合并时，我也遇到问题。就我而言，问题是打开文件的数量。您可能需要增加打开文件的限制。尝试以下命令：

# check soft limit
ulimit -Sn

#check hard limit
ulimit -Hn

#set soft limit
ulimit -Sn <number>

Answer 3

这是bcftools中的错误，作者在收到通知后已将其修复：

https://github.com/samtools/bcftools/issues/929#issuecomment-443614761

修复bcftools中的分段错误

3 个答案: