Question

如果您好奇的话，这是我遇到的问题的背景（可能没有必要，因此您可以在此处跳过第一行）：

我当前正在编写一个脚本（multi_gene），该脚本在其中读取另一个R脚本（sngle_gene）并运行该脚本。应该执行一个循环，以便它将运行sngle_gene的多次迭代。 sngle_gene脚本也可以通过从命令行调用参数来工作，因此，我一直在尝试找出一种方法，让multi_gene脚本输入这些参数（这样我就不必编辑sngle_gene脚本，以便它仍然可以从命令行获取参数。

我的解决方案是让multi_gene在源命令的末尾添加所有命令行参数：

source(paste(paste(directory, "sngle_gene.R", sep = ""), arguments, sep = " "))

背景，这是我的问题：

我想读取参数输入的数据帧，以便我正在创建的循环遍历表中的每一行，并将每一行用作{{1}的参数列表（字符串和数字） }。在我的脑海中，它将输出为某行：

arguments

我尝试使用以下方法从表中提取单行：

/directory/sngle_gene.R argument1 argument2 argument3 etc

似乎提供了我的论证清单，但随后它像这样打印出来：

arguments = unlist(test_df[1, ], use.names = F)

我不太确定如何解决该问题，以便全部解决。任何帮助表示赞赏。

编辑以进行澄清：另外，我知道使用/directory/sngle_gene.R argument1 /directory/sngle_gene.R argument2只会读取第一行。在循环中，我使用变量而不是数字。

Answer 1

要对行进行隐式循环，请使用apply，并将参数MARGIN设置为1：

test_df <- data.frame(arg1 = c("arg1.1", "arg1.2", "arg1.3"),
                      arg2 = c("arg2.1", "arg2.2", "arg2.3"))
test_df

#   arg1   arg2
# 1 arg1.1 arg2.1
# 2 arg1.2 arg2.2
# 3 arg1.3 arg2.3

script.name <- "/directory/sngle_gene.R"

res <- data.frame(cmdline = paste(script.name, apply(test_df, 1, function(x) paste(x, collapse = " "))))
res

#   cmdline
# 1 /directory/sngle_gene.R arg1.1 arg2.1
# 2 /directory/sngle_gene.R arg1.2 arg2.2
# 3 /directory/sngle_gene.R arg1.3 arg2.3

从数据框提取行并在R中作为单行输出

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