尽管不那么大,R Shiny仍需要很长时间来加载数据集

时间:2018-12-06 13:27:25

标签: r shiny

我正在编写一个使用Shiny的应用程序,以在线显示来自我们实验室的数据,以便其他用户可以浏览和使用它。我仍然只处于早期阶段,但是在让应用程序在合理的时间内加载时遇到了麻烦。

我的数据集被保存为.RDa文件,该文件由大约150个obs和大约19000个变量组成(因此19000列具有列名,而150行没有行名)。在Finder中查看时,该文件约为9MB(尽管当我将其加载到RStudio中时,由于某种原因,在“环境”显示中该文件的大小增加到了25MB)。

该应用程序旨在允许选择一个变量,对其执行几个简单的比较计算,然后将结果显示为图表和表格。有多个复选框可以选择要执行的计算,其中一些默认情况下为TRUE,而某些则为FALSE。

加载时确实会收到一些警告消息,因为它仍然尝试显示默认情况下选择为FALSE的计算的点和表,并且当我将这些计算默认情况下设置为TRUE时,警告消失不会加快加载速度,所以我不认为这是正在减慢加载速度的原因。

将加载数据,并在其中选择变量的下拉框定义如下:

load("DataFile.RDa")
GeneNames <- colnames(DataFile)
# Define UI
ui <- fluidPage(
  sidebarLayout(
    sidebarPanel(
      #first wellpanel for selecting gene to look at
      wellPanel(
        selectInput(
          inputId = "gene_select",
          label = NULL,
          choices = GeneNames,
          selected = "ACTB"))
)))

我的问题是,第一次加载Shiny应用程序时,加载时间非常长,而且当我将其上传到Shinyapps.io时,有时会花费很长时间,以至于超时,您不得不重新加载页面。但是,一旦加载了应用程序,更改基因选择或更改要执行的计算几乎会立即发生。而且,如果我上传了严重裁剪的数据版本(20个变量而不是19000个变量),则加载速度非常快。

由于这个原因,我认为问题出在数据的初始加载上,而不是计算上的任何问题。加载数据时我缺少一些技巧吗?

编辑:另外,我发现在移动设备上查看网站时,它的加载速度非常快,而在台式机上加载时,加载速度却很慢。

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