逐行读取文件，然后在另一个文件中搜索部分匹配的行

Question

我有一个文件，该文件与另一个文件中的行部分匹配。为了做到这一点，我试图生成一个while循环，用读取并将部分匹配的每一行的变量替换为grep命令，以搜索具有部分匹配的数据库文件，但是由于某种原因，我没有得到输出（空的outputfile.txt）。

这是我当前的脚本

while read -r line; do
    grep $line /path/to/databasefile >> /path/to/folder/outputfile.txt
done < "/partial_matches.txt"

数据库中包含多行，其序列名称依次为：

 >transcript_ab
 AGTCAGTCATGTC
 >transcript_ac
 AGTCAGTCATGTC
 >transctipt_ad
 AGTCAGTCATGTC

，并且部分匹配的搜索文件包含以下文本行：

 ab
 ac

我正在寻找以下商品的退货：

 >transcript_ab
 >transcript_ac

任何帮助将不胜感激。谢谢。

Answer 1

您可以改用for循环：

for i in $(cat partial_matches.txt); do
grep $i /path/to/databasefile >> /path/to/folder/outputfile.txt
done

此外，请检查您是否有错字： "/partial_matches.txt"-> "./partial_matches.txt"

Answer 2

如果您正在使用GNU grep，那么您正在寻找其-f选项：

grep -f /partial_matches.txt /path/to/databasefile

（如果您在partial_matches.txt中没有任何模式，只有字符串，则使用grep -F而不是grep）