Question

到目前为止，我是Python的新手，对基础编程的了解最少。为了对数据集进行生物信息学分析，我试图提出一个脚本来自动执行大多数任务。分析包括运行多个连续马尔可夫联盟（MSMC）来推断拟南芥的有效种群历史，拟南芥是许多研究的模型生物。

所需的脚本将执行以下操作：

1）遍历以特定结尾结尾的输入文件，该地址以

处理

for filename in os.listdir(input_directory):
   if filename.endswith(".multihetsep.txt")

，目前为止可以使用。 2）然后，将用于分析的软件放在所述文件上，这对我来说很棘手；对于一种情况，subprocess.call看起来像这样：

call (["./msmc_1.1.0_linux64bit","-I0,1","-p1*2+15*1+1*2","- o",outdir+filename,filename])

与将outdir分配给固定的字符串和文件名显然取决于迭代的文件。

为了进行分析，脚本应该能够将0-27中的值以2对为单位合并，并在-I参数的调用中使用它们，而我目前不知道该怎么做。同样，它应该在4,6和8对中进行相同的操作。相同的问题原则上也适用于其他参数，因为我将针对不同的分析运行更改值。另外，我也在努力寻找有关如何获取以严格方式命名的输出文件的信息。假设对于-I 0,1，我想将_1附加到输出文件名（此程序中的-o指定输出位置和前缀）。最后一个arg“文件名”提供输入文件。即使经过大量研究（Google，stackoverflow，Python书籍），我仍无法找到解决该问题的方法。

原则上，我可以使用subprocess.call函数执行此操作吗？还是必须以其他方式解决此问题？

我当前的方法是只运行一个包含所有所需场景的shell脚本，但是当然这很混乱，并且包含许多代码行。

我现在的整个代码如下：

#!/usr/bin/env python3.6
from subprocess import call
input_directory = "location of input files"
for filename in os.listdir(input_directory):
   if filename.endswith(".multihetsep.txt"):
        call (["./msmc_1.1.0_linux64bit","-I0,1","-p1*2+15*1+1*2","-o",outdir+filename,filename])
else:
    print("Specify valid input files.")

我将不胜感激任何输入和帮助，我可能会对此有所帮助。

谢谢！

带有不同args值的subprocess.call

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