Question

我写了一个for循环来测试R（包装“ vegan”，由“ phyloseq”调用）中的排序功能的不同设置。我在列表（sample_subset_list中有几个数据子集，因此，对所有这些子集测试不同的参数会导致许多组合。

排序功能包含可选参数formula，我想在有或没有公式的情况下执行我的命令。我假设NULL是不使用formula参数的正确方法吗？但是在使用for循环（或应用等）时如何传递NULL？

使用phyloseq示例数据：

library(phyloseq)
data(GlobalPatterns)
ps <- GlobalPatterns
ps1 <- filter_taxa(ps, function (x) {sum(x > 0) > 10}, prune = TRUE)
ps2 <- filter_taxa(ps, function (x) {sum(x > 0) > 20}, prune = TRUE)
sample_subset_list <- list()
sample_subset_list <- c(ps1, ps2)

我尝试过：

formula <- c("~ SampleType", NULL)

> formula
[1] "~ SampleType"

ordination_list <- list()
    for (current_formula in formula) {
                            tmp <- lapply(sample_subset_list, 
                                          ordinate, 
                                          method = "CCA",
                                          formula = as.formula(current_formula))
                            ordination_list[[paste(current_formula)]] <- tmp
}

这样，formula仅由“〜SampleType”组成。如果我将NULL放入记号，它将被错误地解释为公式：

formula <- c("~ SampleType", "NULL")
Error in parse(text = x, keep.source = FALSE)

解决这个问题的正确方法是什么？

关于Lyzander的答案：

# make sure to use (as suggested)
formula <- list("~ SampleType", NULL)
# and not 
formula <- list()
formula <- c("~ SampleType", NULL)

Answer 1

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如果您的函数将list作为函数的参数，则还应该这样做：

formula <- list("~ my_constraint", NULL)

# for (i in formula) print(i)
#[1] "~ my_constraint"
#NULL

R如何将NULL传递给可选参数以起作用（例如在for循环中）

1 个答案: