在提交给Slurm的过程中，如何激活特定的Python环境？

Question

我想在群集上运行脚本（SBATCH文件）。如何激活我的虚拟环境（路径/到/ env_name / bin /激活）。我是否只需要添加：

 module load python/2.7.14
source "/pathto/Python_directory/ENV2.7_new/bin/activate"

在my_script.sh文件中？

Answer 1

您是要在提交给Slurm的过程中激活特定的Python环境？这就是我添加到工作脚本中的内容，并且效果很好。请注意，我使用Anaconda，默认情况下会在安装后将所需的路径添加到.bashrc脚本中。希望这可以帮助。

....
# define and create a unique scratch directory
SCRATCH_DIRECTORY=/global/work/${USER}/kelp/${SLURM_JOBID}
mkdir -p ${SCRATCH_DIRECTORY}
cd ${SCRATCH_DIRECTORY}

# Activate Anaconda work environment for OpenDrift
source /home/${USER}/.bashrc
source activate MyEnvironment 

# we execute the job and time it
time mpirun python slurmscript.py

Answer 2

是的。只需确保将这些行插入SBATCH ...之后，再使用python。