Question

我正在使用library(mice)来估算丢失的数据。我想要一种方法告诉mice，ID变量应包含在估算数据集上，但不能用于估算。

例如

#making a silly data frame with missing data
library(tidyverse)
library(magrittr)
library(mice)

d1 <- data.frame(
  id = str_c(
    letters[1:20] %>% 
      rep(each = 5),
    1:5 %>% 
      rep(times  = 20)
    ),
  v1 = runif(100),
  v2 = runif(100),
  v3 = runif(100)
  )

d1[, -1] %<>%
  map(
    function(i){

      i[extract(sample(1:100, 5, F))] <- NA

      i
      }
    )

这是返回的mids对象

m1 <- d1 %>% 
  select(-id) %>% 
  mice

如何在每个估算的数据帧中包括d1$id作为变量？

Answer 1

有两种方法。首先，只需将id附加到估算数据集

d2 <- complete(m1,'long', include = T) # imputed datasets in long format (including the original)
d3 <- cbind(d1$id,d2) # as datasets are ordered simply cbind `id`
m2 <- as.mids(d3) # and transform back to mids object

这可确保id在插补过程中没有任何作用，但是有点草率且容易出错。另一种方法是简单地将其从预测变量矩阵中删除。

Van Buuren和Groothuis-Oudshoorn的2011 manual说：“ 用户可以指定自定义的预报器矩阵，从而有效地调节每个变量的预报器数量。例如，假设bmi被认为是不相关的将bmi列中的所有条目设置为零会有效地将其从预测变量集中删除...不会将bmi用作预测变量，但仍会归因于它。“

为此

ini <- mice(d1,maxit=0) # dry run without iterations to get the predictor matrix

pred1 <- ini$predictorMatrix # this is your predictor matrix
pred1[,'id'] <- 0 # set all id column values to zero to exclude it as a predictor

m1 <-mice(d1, pred = pred1) # use the new matrix in mice

您还可以防止鼠标插入变量，但是由于它不包含任何缺失值，因此这不是必需的（鼠标会自动跳过它）。

在估算数据框中包含ID变量

1 个答案: