Question

如何禁用/禁止在安装R软件包期间不断显示弹出窗口“更新已加载的软件包”？我很高兴将其设置为“否”，但是我不知道如何使其工作（调查了install.packages()参数，并进行了谷歌搜索，但没有发现）。

背景：我的目标是比较大型（2k）软件包集合的安装时间。我希望在一夜之间循环进行一次迭代，其中每个迭代：（1）删除除base优先级软件包之外的所有软件包，（2）测量特定软件包的安装时间。我必须没有弹出窗口（该窗口会停止进程）来执行此操作。

sessionInfo，当我启动RStudio时：

> sessionInfo()
R version 3.5.1 (2018-07-02)
Platform: x86_64-apple-darwin15.6.0 (64-bit)
Running under: macOS  10.14

Matrix products: default
BLAS: /System/Library/Frameworks/Accelerate.framework/Versions/A/Frameworks/vecLib.framework/Versions/A/libBLAS.dylib
LAPACK: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Resources/lib/libRlapack.dylib

locale:
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_3.5.1 tools_3.5.1   
>

Answer 1

您应该考虑基准测试工具，类似于：

#!/bin/bash

# Create file of all installed packages

Rscript -e 'writeLines(unname(installed.packages()[,1]), "installed-pkgs.txt")'

# Iterate over the file, benchmarking package load 3x (consider bumping this up)

while read -r pkg; do

  echo -n "Benchmarking package [${pkg}]"

  for iter in {1..3}; do

    echo -n "."

    Rscript --vanilla \
      -e 'args <- commandArgs(TRUE)' \
      -e 'invisible(suppressPackageStartupMessages(xdf <- as.data.frame(as.list(system.time(library(args[1], character.only=TRUE), FALSE)))))' \
      -e 'xdf$pkg <- args[1]' \
      -e 'xdf$iter <- args[2]' \
      -e 'xdf$loaded_namespaces <- I(list(loadedNamespaces()))' \
      -e 'saveRDS(xdf, file.path("data", sprintf("%s-%s.rds", args[1], args[2])))' \
      "${pkg}" \
      "${iter}"

  done

  echo ""

done <installed-pkgs.txt

我用~/projects/pkgbench子目录创建了一个data目录，并将^^放在~/projects/pkgbench中。有了它，您：

每次运行都要获得干净的（原始的）R会话
每个迭代3次（如果需要，可以提高迭代次数）
每次迭代一个RDS文件
RDS文件中加载后的会话名称空间中的软件包（包括名称）数量

运行时（从macOS盒子上的非RStudio终端会话），您会获得进度（每次迭代一个点）：

$ ./pkgbench.sh
Benchmarking package [abind]...
Benchmarking package [acepack]...
Benchmarking package [AER]...
Benchmarking package [akima]...

然后，您可以执行以下操作（几公斤后我就杀死了基准）：

library(hrbrthemes) # github/gitlab
library(tidyverse)

map_df(
  list.files("~/projects/pkgbench/data", full.names = TRUE),
  readRDS
) %>% tbl_df() %>% print() -> bench_df
## # A tibble: 141 x 8
##    user.self sys.self elapsed user.child sys.child pkg     iter  loaded_namespaces
##        <dbl>    <dbl>   <dbl>      <dbl>     <dbl> <chr>   <chr> <list>           
##  1   0.00500 0.00100  0.00700         0.        0. abind   1     <chr [9]>        
##  2   0.00600 0.00100  0.00700         0.        0. abind   2     <chr [9]>        
##  3   0.00600 0.00100  0.00600         0.        0. abind   3     <chr [9]>        
##  4   0.00500 0.00100  0.00600         0.        0. acepack 1     <chr [9]>        
##  5   0.00600 0.001000 0.00800         0.        0. acepack 2     <chr [9]>        
##  6   0.00500 0.00100  0.00600         0.        0. acepack 3     <chr [9]>        
##  7   1.11    0.0770   1.19            0.        0. AER     1     <chr [36]>       
##  8   1.04    0.0670   1.11            0.        0. AER     2     <chr [36]>       
##  9   1.07    0.0720   1.15            0.        0. AER     3     <chr [36]>       
## 10   0.136   0.0110   0.147           0.        0. akima   1     <chr [12]>       
## # ... with 131 more rows

group_by(bench_df, pkg) %>% 
  summarise(
    med_elapsed = median(elapsed), 
    ns_ct = length(loaded_namespaces[[1]])
  ) -> bench_sum

ggplot(bench_sum, aes("elapsed", med_elapsed)) +
  geom_violin(fill = ft_cols$gray) +
  ggbeeswarm::geom_quasirandom(color = ft_cols$yellow) +
  geom_boxplot(color = "white", fill="#00000000", outlier.colour = NA) +
  theme_ft_rc(grid="Y")

ggplot(bench_sum, aes(ns_ct, med_elapsed)) +
  geom_point(color = ft_cols$yellow) +
  geom_smooth(color = ft_cols$peach) + # shld prbly use something better than loess
  theme_ft_rc(grid = "XY")

如果要在一夜之间运行它，请确保禁用macOS可能对您造成的所有“困/空闲”时间（例如禁用任何重量级的屏幕保护程序，防止其使磁盘进入睡眠状态，等等）。

请注意，我禁止打印软件包启动消息。您可能想改而capture.output()，或者在有无此情况下进行比较。

library()还具有所有这些参数选项：

library(
  package, 
  help, 
  pos = 2, 
  lib.loc = NULL,
  character.only = FALSE, 
  logical.return = FALSE,
  warn.conflicts = TRUE, 
  quietly = FALSE,
  verbose = getOption("verbose")
)

您可能还需要针对各种基准测试进行调整。

我还只查看了“程序包对用户的感觉” 值的中位数。考虑检查数据框中的所有system.time值。

如果您的Mac具有足够强大的CPU核心功能，并且拥有快速的固态磁盘，则可以可以考虑将GNU parallel与该工具一起使用以加快计时速度。如果这样做的话，我肯定会每pkg使用3次以上的迭代，并且对于并行并行运行的数量要相当保守。

在RStudio中安装R软件包期间，如何禁止更新已加载的软件包窗口？

1 个答案: