SyntaxError:使用.format和for循环解析时出现意外的EOF

时间:2018-11-27 16:16:11

标签: python loops

我正在尝试执行此循环,但是我收到此错误,有什么建议吗?

for file in glob.glob("results/dir_bam/*_dedup.bam"):
  f_name = file_name(file)
  cmd = 'java -jar {} GenomeAnalysisTK ' \
        '-T IndelRealigner ' \
        '-R {} '\
        '-I {} ' \
        '-targetIntervals {} ' \
        '-known 1000G_phase1. InDels .hg19. VCF ' \
        '-known Mills_and_1000G_gold_standard. InDels .hg19. VCF '\
        '-o aligned_reads.sorted.dedup.realigned. BAM' \
        .format(picard, path_ref_gen, file,
                'results/dir_bam/' + f_name + '.intervals', 
                'results/dir_bam/' + f_name + '_realigned.bam')
  

SyntaxError:解析时出现意外的EOF

我尝试使用不同的制表符和空格,但没有工作。问题来自.format部分。

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