我正在尝试执行此循环,但是我收到此错误,有什么建议吗?
for file in glob.glob("results/dir_bam/*_dedup.bam"):
f_name = file_name(file)
cmd = 'java -jar {} GenomeAnalysisTK ' \
'-T IndelRealigner ' \
'-R {} '\
'-I {} ' \
'-targetIntervals {} ' \
'-known 1000G_phase1. InDels .hg19. VCF ' \
'-known Mills_and_1000G_gold_standard. InDels .hg19. VCF '\
'-o aligned_reads.sorted.dedup.realigned. BAM' \
.format(picard, path_ref_gen, file,
'results/dir_bam/' + f_name + '.intervals',
'results/dir_bam/' + f_name + '_realigned.bam')
SyntaxError:解析时出现意外的EOF
我尝试使用不同的制表符和空格,但没有工作。问题来自.format部分。