Question

我有一个像这样运行的代码块：

library(SummarizedExperiment)

for (i in seq_along(sce_list))
 {
     r <- rowData(sce_list[[i]])$use
     c <- colData(sce_list[[i]])$use
     tt=(sce_list[[i]])[r,c]
      assign(paste0("sce_",i,".qc"),tt)
 }

我想将上述代码中的对象“ sce _”，i，“。qc” 存储在列表中，并通过循环访问它们。

原则上我想做的是：

创建函数：

sceDataDim <- function(sce){
        print(paste(metadata(sce)$name[1], dim(sce)[1], "genes", dim(sce)[2], "cells"))

然后使用这样的功能

sceDataDim(sce_1.qc)

上面的代码工作正常。但是，当我尝试运行循环时，会遇到麻烦：

for (i in 1:4)
sceDataDim(paste0("sce_",i,".qc"))

error
 Error in (function (classes, fdef, mtable)  : 
  unable to find an inherited method for function ‘metadata’ for signature ‘"character"’

有什么建议吗？？

编辑：

dput(sce_list)
list(<S4 object of class structure("SingleCellExperiment", package = "SingleCellExperiment")>, 
    <S4 object of class structure("SingleCellExperiment", package = "SingleCellExperiment")>, 
    <S4 object of class structure("SingleCellExperiment", package = "SingleCellExperiment")>, 
    <S4 object of class structure("SingleCellExperiment", package = "SingleCellExperiment")>)

Answer 1

您可以将mget与ls及其pattern参数一起使用：

sce_1.qc <- "foo"
sce_2.qc <- "bar"

your_list <- mget(ls(pattern="sce_\\d+\\.qc"))
your_list
# $sce_1.qc
# [1] "foo"
# 
# $sce_2.qc
# [1] "bar"

\d+匹配数字序列

如何列出具有特定前缀和后缀的所有对象？

1 个答案: