Question

我觉得这应该是一个非常简单的解决方案，但是我似乎仍然无法使其正常工作。

我有数百张（更多的即将到来的）组织病理学病例的大金字塔图像，创建了一个hammamatsu扫描仪，该扫描仪以NDPI格式输出图像，也就是整个幻灯片成像（WSI）。在名为NdpiTools的程序包中已经有一个名为ndpi2tiff的工具，它可以完成困难的工作。它将分析一个ndpi文件（XYZ.ndpi）并创建一个新的tiff文件（XYZ.tif）。不幸的是，您不能使用* .ndpi通配符参数，而只能批量转换所有文件。一张一张地转换它们是不切实际的。我弄乱了applescript（在Mac上，但安装了python），只得到了以下错误：要么没有输入被定向到ndpi2tiff，要么它试图作用于目录/文件夹而不是其中的文件。

用法是：ndpi2tiff -options [image2convert.ndpi]

位于/ usr / local / bin

https://www.imnc.in2p3.fr/pagesperso/deroulers/software/ndpitools/

有什么提示吗？

Answer 1

您可以在命令行（bash）上使用find和-exec：

find . -name '*.ndpi' -exec ndpi2tiff -options {} \;

您可以使用任意选项（替换-options）。

Answer 2

Bash for循环也可以完成这项工作：

#!/bin/sh

cd /PATH/TO/YOUR/IMAGES

for filename in `ls *.ndpi`; do
    ndpi2tiff "$filename"
done

不是最直观的语言，但是它有其用途。

脚本（python，applescript，bash）使用ndpi2tiff自动将一组金字塔平铺图像转换为一组大tiff？

2 个答案: