基本思想是在R中创建一个线性模型,使得 FinH由SoilNkh,dDDSP,dDDSP2,来源,位点,基因型和基因座解释,其中SoilNkh,dDDSP和dDDSP2是连续协变量,来源,位点,基因型和基因座是因子,位点和来源是固定的,基因型和基因座是随机的。同样,基因型嵌套在“来源”中,“块”嵌套在“站点”中。
由于变量进入的顺序很重要,因此它应该是Anova I型,其参数按以下顺序进行: FinH〜SoilNkh,站点,dDDSP,dDDSP2,源,站点:源,源/基因型,站点/块
对于固定部分,我也可以:
test31 <-lm(FinH~SoilNkh + Site + dDDSP + dDDSP2 + Provenance + Site:Provenance ,data=d1)
test32 <-aov(FinH~SoilNkh + Site + dDDSP + dDDSP2 + Provenance + Site:Provenance ,data=d1
尝试指定随机部分时,以上述文本为起点,麻烦就开始了:)
我觉得它应该是这样的形式:
test64 <- lme(FinH~SoilNkh + Site + dDDSP + dDDSP2 + Provenance + Site:Provenance,
random = ~1|Provenance/Genotype + ~1|Site/Block,data=d1)
但我无法避免错误
“ getGroups.data.frame(dataMix,groups)中的错误: 组的公式无效”
的确,我对线索一无所知,因此任何建议都是不错的选择!如果应该提供任何数据,我当然很乐意提供,但还不能(但)弄清楚如何...
提前感谢您的时间。