Question

我有一个看起来像这样的代码块：

p1 <- plotQC(sce_1, type = "highest-expression")
p2 <- plotQC(sce_2, type = "highest-expression")
p3 <- plotQC(sce_3, type = "highest-expression")
p4 <- plotQC(sce_4, type = "highest-expression")
grid.arrange(p1,p2,p3,p4,ncol=2)

这很好用，没有错误或警告。

我想绕个圈。我所做的是

 for (i in 1:length(paths))
    assign(paste0("p",i), plotQC(get(paste0("sce_",i)), type = "highest-expression"))
    grid.arrange(p1,p2,p3,p4,ncol=2)

第二个块也可以很好地工作。但是，我想使grid.arrange在不手动通知p1，p2，p3，p4的情况下工作，但是它应该检测到p个对象的数量。

我该怎么做？我正在使用R markdown。

Answer 1

虽然所有这些方法都有效，但我认为您会同意以下内容会更好，因为它绝不需要您重复任何行或手动指定一些数字：

sce <- list(sce_1, sce_2, sce_3, sce_4)
p <- lapply(sce, plotQC, type = "highest-expression")
do.call(grid.arrange, c(p, ncol = 2))

尤其是在这种情况下，使用列表要好得多。为此，您可能还应该以不同的方式生成sce_1，...，sce_4作为列表元素。

Answer 2

如果您想保持循环，也可以尝试以下方法：

p.list <- list()
for (i in 1:length(paths)){
  p <- plotQC(get(paste0("sce_",i)), type = "highest-expression")
  p.list[[i]] <- p
}
cowplot::plot_grid(plotlist = p.list)

在这里，我们将其保存在名为p.list的列表中，而不是分配图解，然后从该列表构建网格。我使用了plot_grid中的cowplot，因为它接受了一系列绘图作为参数，并且我发现整体上使用绘图网格更加容易。

如何在R中自动执行此部分grid.arrange函数

2 个答案: