在R中子集和保存netcdf

Question

我正在尝试根据较短的时间周期在foor循环中将8个netcdf文件子集（其中一个是here），然后将它们另存为新的netcdf文件。

我看到其他人已经问过如何根据不同的时间段（here或here）对netcdf文件进行子集化，但是一旦在netcdf文件上进行操作，“ for循环”就会继续没有完成就运行（甚至没有第一个netcdf文件），我也不知道为什么。

这是我使用的代码：

library(raster)
library(netcdf4)
library(lubridate)

#setting wd=indir containing netcdf files

setwd(indir)

files=list.files(pattern="nc")

for (j in seq_along(files)){

#setting wd containing netcdf files in the loop
setwd(indir)

b<-brick(files[j])

nc<-nc_open(files[j])

#variable
varname<-names(nc[['var']][3])
varunits <- ncatt_get(nc,varname,"units")[[2]]

lon<-ncvar_get(nc,"lon")

lat<-ncvar_get(nc,"lat", verbose = F)

time<-ncvar_get(nc, "time")

tunits <- ncatt_get(nc, "time", "units")[[2]]

dlname <- ncatt_get(nc, varname,"long_name")[[2]]

nc_close(nc)

#assigning a crs
proj4string(b)<-"+proj=longlat +datum=WGS84 +ellps=WGS84 +towgs84=0,0,0"

#setting time as.Date 
tm<-ymd(getZ(b))

#setting time to rasterBrick
b<-setZ(b, tm)

# subsetting
b2<-subset(b, which(tm < as.Date('2006-01-01')))      

#setting wd where I want to save the "new" netcdf files
setwd(outdir)

writeRaster(b2, filename = paste0(varname, "_1971_2006_Noce.nc"),
format="CDF", varname=varname, varunit=varunits, longname=dlname,
xname="lon", yname="lat", zname="time", zunit=tunits, overwrite=TRUE)
}

非常感谢您提供有关如何使循环正常工作的帮助！