Question

我需要在我的makefile中激活一个conda环境才能运行一些python脚本，但是，每当我尝试运行conda activate env_name时，都会收到以下消息：

CommandNotFoundError：您的外壳尚未正确配置为使用“ conda激活”。如果您的外壳是Bash或Bourne变体，使用
为当前用户启用conda
$ echo ". /Users/MY_USERNAME/anaconda3/etc/profile.d/conda.sh" >> ~/.bash_profile
或（对于所有用户）启用conda
$ sudo ln -s /Users/MY_USERNAME/anaconda3/etc/profile.d/conda.sh /etc/profile.d/conda.sh
以上选项将永久启用“ conda”命令，但他们没有将conda的基础（根）环境放在PATH上。为此，运行
$ conda activate
在您的终端中，或者将基本环境永久放在PATH上，运行
$ echo "conda activate" >> ~/.bash_profile
在conda 4.4之前，建议的激活conda的方法是修改〜/ .bash_profile文件中的PATH。您应该手动删除看起来像这样的线
export PATH="/Users/MY_USERNAME/anaconda3/bin:$PATH"
^^^上面的行应该不再位于〜/ .bash_profile文件中！ ^^^

我尝试通过在顶部添加SHELL := /bin/zsh来更改makefile的外壳，但这不能解决问题。另外，我需要此makefile才能使用计算机的默认外壳程序运行（我的一些队友使用zsh，其他人使用bash）。似乎无论我做什么，我都无法使conda activate在Makefile中工作。

我该怎么办才能使它正常工作？

Answer 1

conda activate设置环境变量。但是，GNU Make在新产生的外壳程序中调用配方的每一行。您需要在配方的每一行中调用conda activate。

更好的方法是让makefile执行conda activate，然后在新激活的环境中重新运行自身，然后再构建目标。

Answer 2

经过一番搜索，我想出了将此模式添加到我的Makefile中以使conda activate工作的原因。其他人也许可以简化。

# Need to specify bash in order for conda activate to work.
SHELL=/bin/bash
# Note that the extra activate is needed to ensure that the activate floats env to the front of PATH
CONDA_ACTIVATE=source $$(conda info --base)/etc/profile.d/conda.sh ; conda activate ; conda activate

py3build:
    ($(CONDA_ACTIVATE) py3.6 ; python setup.py build )

Answer 3

您应该在脚本开头使用|---------------------|------------------|----------------| | INTERFACE_NAME | RULE_NAME | ERROR_COUNT | |---------------------|------------------|----------------| | EMP01 | Invalid dept | 2 | |---------------------|------------------|----------------| | EMP01 | Invalid dept | 2 | |---------------------|------------------|----------------| | EMP01 | - | 2 | |---------------------|------------------|----------------| | DEPT01 | Missing Dept id | 3 | |---------------------|------------------|----------------| | DEPT01 | Missing Dept id | 3 | |---------------------|------------------|----------------| | DEPT01 | - | 3 | |---------------------|------------------|----------------| | Total | - | 5 | |---------------------|------------------|----------------|指令。这一切都在同一外壳中运行。

Answer 4

您需要记住的重要一件事是Makefile将在单独的子外壳中执行配方的每一行，例如在一行中导出PATH不会影响下一行Makefile中的命令所看到的内容！请参阅Makefile manual - Recipe Execution：

当需要执行配方来更新目标时，可以通过为配方的每一行调用一个新的子shell来执行它们，除非.ONESHELL特殊目标生效（请参阅使用一个Shell）（实际上，make可能会采用不影响结果的快捷方式。）

请注意：这意味着设置shell变量和调用诸如cd之类的设置每个进程本地上下文的shell命令不会影响配方中的以下行。 >

Makefile无法使用`conda activate`

4 个答案: