Question

我在桌面上同时安装了python2和python3。如果我做 python -V在终端中，我得到Python 3.6.0 :: Anaconda 4.3.0 (x86_64)。

但是，如果我使用R中的system2命令

system2("python", args = "-V")

然后它报告Python 2.7.10

如果指定完整路径，我将获得正确的版本

system2("//anaconda/bin/python", args = "-V")

Python 3.6.0 :: Anaconda 4.3.0 (x86_64)

但是我希望system2默认只使用python3。是否可以更改使用的版本？这是用于Mac OSX

Answer 1

从R应用程序或RStudio运行R时，系统调用访问的环境与从终端运行R时所访问的环境不同。因此，您配置为在Shell程序中运行Unix可执行文件的正确版本的PATH环境变量与在环境变量中的system2()或system()调用中使用的环境变量不同。这两个应用程序中的R会话。为了解决这个问题，您需要在R环境中设置路径。

在交互式会话中，您可以执行以下操作：

# Reproducing your problem (in the R application or RStudio)
system2("python", args="-V")
# Python 2.7.10

# set a new PATH in the environment accessed by R
# This is the line you can also add to your .Rprofile
Sys.setenv(PATH = paste(c("//anaconda/bin", Sys.getenv("PATH"), 
                        collapse = .Platform$path.sep))
# For users other than the OP, you'll want to use the directory
# where your preferred installation of python is. For the OP that's
# //anaconda/bin

# Confirm
system2("python", args="-V")
# Python 3.6.0 :: Anaconda 4.3.0 (x86_64)

现在应该在目录python中找到系统命令//anaconda/bin，而不是/usr/bin。当然，这取决于在系统中找到这些Unix可执行文件的位置，因此对于OP以外的读者，您将需要使用保存所需版本python的目录。

此PATH将在整个R会话的其余部分保持有效。要在所有R个会话中更改路径，请更新（或创建，如果尚未创建）.Rprofile文件。 .Rprofile文件可以位于（或转到）您的HOME目录或R_HOME中。如果将以上行添加到.Rprofile，则每次R初始化时，它们都会在每个R会话的开始执行。

使system2使用特定版本的python

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