Question

问题：

我有一个文本文件，每行包含不同的物种名称，下面将提供一个示例，另一行包含文件路径和物种名称的列表（也包括在下面）。我想在第二个列表中的第一个列表中找到一个物种的每个示例（返回文件路径），但是每个物种返回的每个物种只有一个。目前，我的代码在列表中找到了第一个物种，并返回了该物种的每个实例，然后停止了。

示例输入：

这是物种名称文本文件的子集：

Ferroglobus placidus
Halorubrum arcis
Sulfolobus acidocaldarius

这是目录和物种名称文件的子集：

file,Species
./refseq/archaea/GCF_001560525.1/GCF_001560525.1_NG05B_C06_12_genomic,Sulfolobus acidocaldarius
./refseq/archaea/GCF_001560525.1/GCF_001560525.1_NG05B_C06_12_genomic,Sulfolobus acidocaldarius
./refseq/archaea/GCF_001560525.1/GCF_001560525.1_NG05B_C06_12_genomic,Sulfolobus acidocaldarius
./refseq/archaea/GCF_001560525.1/GCF_001560525.1_NG05B_C06_12_genomic,Sulfolobus acidocaldarius
./refseq/archaea/GCF_000337015.1/GCF_000337015.1_ASM33701v1_genomic,Halorubrum arcis
./refseq/archaea/GCF_000337015.1/GCF_000337015.1_ASM33701v1_genomic,Halorubrum arcis
./refseq/archaea/GCF_000337015.1/GCF_000337015.1_ASM33701v1_genomic,Halorubrum arcis
./refseq/archaea/GCF_000337015.1/GCF_000337015.1_ASM33701v1_genomic,Halorubrum arcis
./refseq/archaea/GCF_000025505.1/GCF_000025505.1_ASM2550v1_genomic,Ferroglobus placidus
./refseq/archaea/GCF_000025505.1/GCF_000025505.1_ASM2550v1_genomic,Ferroglobus placidus
./refseq/archaea/GCF_000025505.1/GCF_000025505.1_ASM2550v1_genomic,Ferroglobus placidus
./refseq/archaea/GCF_000025505.1/GCF_000025505.1_ASM2550v1_genomic,Ferroglobus placidus

当前代码： 此刻，该代码针对种类列表中的名字循环一次，然后停止。

import re
import sys

list = open('speciesnames.txt', "r")

file = open('pathandspeciesname.csv', "r")


for x in list:
    for line in file:
        if re.findall(x, line):
            print (line)

当前输出：

这是我从上面的代码中获得的输出的示例，返回了每个Ferroglobus placidus实例，但此后循环停止了。

./refseq/archaea/GCF_000025505.1/GCF_000025505.1_ASM2550v1_genomic,Ferroglobus placidus

./refseq/archaea/GCF_000025505.1/GCF_000025505.1_ASM2550v1_genomic,Ferroglobus placidus

./refseq/archaea/GCF_000025505.1/GCF_000025505.1_ASM2550v1_genomic,Ferroglobus placidus

所需的输出： 我想要的输出是为每个物种提供一条路径，但为每个物种只有一条路径，如下所示：

./refseq/archaea/GCF_001560525.1/GCF_001560525.1_NG05B_C06_12_genomic,Sulfolobus acidocaldarius
./refseq/archaea/GCF_000337015.1/GCF_000337015.1_ASM33701v1_genomic,Halorubrum arcis
./refseq/archaea/GCF_000025505.1/GCF_000025505.1_ASM2550v1_genomic,Ferroglobus placidus

Answer 1

import re

listofspecies = open("allspeciesfull.txt").readlines()

listoffiles = open("fileid4.csv").readlines()



for x in listofspecies:
    for line in listoffiles:
        if re.findall(x, line):
            print (line)
            break

使用break函数意味着该循环对于每个if语句仅工作一次，而使用readlines函数则意味着正在使用列表而不是文件句柄。

在Python中通过循环从一个文本文件搜索到另一个文本文件，而每个搜索项仅返回一个结果

1 个答案: