如何从mothur列表文件中删除不在mothur计数文件中的序列?

时间:2018-11-14 19:23:41

标签: mothur

我正在处理两个文件,分别为List File和一个Count Table。列表文件比计数表具有更多的序列(表示为序列ID号)。

我想删除列表文件中计数表中不存在的序列。

例如,制表符分隔的列表文件如下所示:

    label   numOtus  Otu1   Otu2    Otu3    Otu4...
    0.03    7647    1RDD4_02256_06492,1RDD4_02746_03372,1RDD4_04647_02715   VVP2U_04463_01357,VVP2U_01757_00241,VVP2U_02366_00662   1RDD4_03033_05153,VVP2U_04490_00688,VVP2U_00190_03758   VVP2U_00267_01898,1RDD4_01445_01883,1RDD4_01329_01451   VVP2U_01539_00744,VVP2U_00502_01639,VVP2U_00678_06956   VVP2U_01776_00793,VVP2U_01065_01146,VVP2U_04183_07213   VVP2U_01612_01003,1RDD4_04489_02389 VVP2U_02920_03779,VVP2U_02822_07567

以制表符分隔的计数表如下:

 Representative_Sequence    total   o132    o137    o139    o143    o145    o146    o154    o155    o156    o212    o213    o216    o219    o220
    VVP2U_04986_04053   1   0   0   0   0   0   0   0   0   0   1   0   0   0   0
    1RDD4_00428_02444   1   0   0   0   0   0   0   0   0   0   1   0   0   0   0
    1RDD4_01405_01516   1   0   0   0   0   0   0   0   0   0   1   0   0   0   0
    1RDD4_00607_01976   1   0   0   0   0   0   0   0   0   0   1   0   0   0   0

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