Question

我对Kallisto和Sleuth相当陌生，但是由于有了在线信息，我才能获得RNA序列分析的结果。我正在遵循https://pachterlab.github.io/sleuth_walkthroughs/trapnell/analysis.html这个管道，以了解不同的基因表达。

现在我正在尝试运行plot_bootstrap函数

在网络示例中说：

plot_bootstrap(so, "ENST00000263734", units = "est_counts", color_by = "condition")

在我的情况下，表达最充分的笔录称为TRINITY_DN3505_c0_g1_i5，而我的因素是“季节”。然后我尝试了：

plot_bootstrap(so, "TRINITY_DN3505_c0_g1_i5", units = "est_counts", color_by = "season")

但是我得到了错误：

obj $ bs_quants [[1]]中的错误：下标超出范围

您能帮我解决此错误的含义吗？我在阅读有关此错误的其他文章，这似乎意味着您正在调用不退出的内容...但是我不明白，因为在我看来，笔录的名称正确，而且名称也正确因素...两者都存在。所以...我不知道。

任何建议都可能有用。

Answer 1

我在sleuth_prep函数中得到了答案。

extra_bootstrap_summary：如果为TRUE，则为估计的计数计算额外的摘要统计信息。这对于典型的分析不是必需的。仅某些地块才需要它（例如plot_bootstrap）。默认值为FALSE。

因此，如果您想看到plot_bootstrap，则必须添加extra_bootstrap_summary = T。就像我的情况一样，<-sleuth_prep（s2c，〜，extra_bootstrap_summary = T）然后这可以工作plot_bootstrap（so，“ TRINITY_DN3505_c0_g1_i5”，units =“ est_counts”，color_by =“ season”）

obj $ bs_quants [[1]]中的错误：plot_bootstrap函数

1 个答案: