我一直在努力确保要确定某些分子（例如配体或辅助因子）从分子中弹出，就像在Photoshop中选择图层一样。如何选择某些对象或氨基酸位于所有其他层的前面。例如我有一个内部有辅助因子的分子的表面表示，但是然后我只想使辅助因子弹出并覆盖在表面顶部。
我是pymol的基本（初学者）用户，这意味着我刚刚开始使用命令，但我尚未为pyMOL编写任何脚本。
我可以使用哪种命令？
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如果要在表面上覆盖，我唯一看到的方法是渲染（射线）图像两次，一次显示蛋白质的表面，以及曾经的辅助因子。然后在您选择的图像编辑器中叠加两个png（当然，这些png具有透明背景）。
如果您需要在PyMOL的3D视图中同时使用两种表示法，请增加表面的透明度，然后确保只有辅因子可见，例如甘草表示法。